Dies ist die Windows-App mit dem Namen PRADA, deren neueste Version als PRADA.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens PRADA mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
PRADA
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BESCHREIBUNG
Die massiv parallele Sequenzierung von cDNA, die aus RNA revers transkribiert wird (RNASeq), liefert eine genaue Schätzung der Menge und Zusammensetzung von mRNAs. Um das Transkriptom durch die Analyse von RNA-seq-Daten zu charakterisieren, haben wir PRADA entwickelt. PRADA konzentriert sich auf die Verarbeitung und Analyse von Genexpressionsschätzungen, die überwachte und unüberwachte Identifizierung von Genfusionen und die überwachte Identifizierung intragener Deletion.
PRADA unterstützt derzeit 7 Module zur Verarbeitung und Identifizierung von Anomalien aus RNAseq-Daten:
Vorprozess: Erzeugt ausgerichtete und neu kalibrierte BAM-Dateien.
Expression: Erzeugt Genexpression (RPKM) und Qualitätsmetriken.
Fusion: Identifiziert mögliche Genfusionen.
gue-ft: Überwachte Suche nach Fusionstranskripten.
Guess-wenn: Überwachte Suche nach intragenen Fusionen.
Homologie: Berechnet die Homologie zwischen zwei gegebenen Genen.
Rahmen: Prognostiziert die funktionelle Konsequenz des Fusionstranskripts
Eigenschaften
- PRADA ist in der Programmiersprache Python geschrieben und soll in einer Befehlszeilenumgebung auf UNIX- oder LINUX-Betriebssystemen ausgeführt werden.
- Eine detaillierte Beschreibung der Installationsschritte und der Verwendung jedes Moduls mit Beispielen finden Sie in der Dokumentation unter https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Die hg19-Referenzdateien können unter heruntergeladen werden http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Um Fusionsartefakte zu entfernen, filtern wir Gene mit mehreren Partnern in derselben Probe und Homologie heraus.
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/prada/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
