Este es el comando ABYSS que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ABYSS: ensambla lecturas cortas en contigs
SINOPSIS
Abismo [OPCIÓN] ... ARCHIVO...
DESCRIPCIÓN
Reúna todos los archivos de entrada, FILE, que pueden estar en FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM o
Formato BAM y puede estar comprimido con gz, bz2 o xz y puede estar alquitranado.
Se recomienda a los usuarios que deseen ejecutar un ensamblaje completo con ABySS que utilicen abyss-pe como su
punto de entrada en lugar del programa ABYSS. abyss-pe es un Makefile que coordina muchos
de las herramientas ABySS (incluido ABYSS) para ejecutar la tubería de ensamblaje ABySS completa.
abyss-pe es capaz de hacer muchas cosas que ABYSS no es, como aprovechar el
la información de distancia proporcionada por las lecturas de los extremos emparejados y las lecturas de los pares coincidentes.
--castidad
descartar lecturas no codificadas [predeterminado]
--no castidad
no descarte lecturas impías
- enmascarado de recorte
recortar bases enmascaradas de los extremos de las lecturas [predeterminado]
--no-recortado-enmascarado
no recorte las bases enmascaradas de los extremos de las lecturas
-q, - calidad de recorte=LÍMITE
recortar bases de los extremos de las lecturas cuya calidad es menor que el umbral
-Q, - calidad de máscara=LÍMITE
enmascarar todas las bases en lecturas cuya calidad es menor que el umbral
--calidad estandar
calidad cero es '!' (33)
predeterminado para archivos FASTQ y SAM
- calidad de iluminación
la calidad cero es '@' (64)
predeterminado para qseq y archivos de exportación
-o, --fuera=ARCHIVO
escribir los contigs en ARCHIVO
-k, --kmer=KMER_SIZE
tamaño k-mer
-t, - longitud del recorte=RECORTAR_LENGTH
longitud máxima de los bordes colgantes para recortar
-c, --cobertura=COBERTURA
eliminar contigs con una cobertura media de k-mer menor que este umbral
-b, --burbujas=N
estallar burbujas más cortas que N bp (predeterminado: 3 * k).
-b0, --no burbujas
no hagas burbujas
-e, --erosionar=COBERTURA
erosionar bases en los extremos de contigs romos con una cobertura menor que este umbral
-E, - hebra erosionada=COBERTURA
erosionar las bases en los extremos de contigs romos con una cobertura menor que este umbral en
cualquiera de las dos hebras
--historial de cobertura=ARCHIVO
registrar el histograma de cobertura de k-mer en ARCHIVO
-g, --grafico=ARCHIVO
generar un gráfico en formato de puntos
-s, --snp=ARCHIVO
grabar burbujas reventadas en ARCHIVO
-v, --verboso
mostrar salida detallada
--ayuda muestra esta ayuda y salir
--versión
salida de información de la versión y salir
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