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PROGRAMA:

NOMBRE

altree - Pruebas de asociación y localización usando árboles filogenéticos

SINOPSIS

altree [opciones]

Opciones:
--versión del programa de versión
--short-help | h mensaje de ayuda breve
- mensaje de ayuda de ayuda con descripciones de opciones
--man documentación completa
--asociación | a realizar la prueba de asociación
--s-localization | Realizo la localización usando el carácter S
--first-input-file | i result_file de programas de reconstrucción de filogenia
--second-input-file | j archivo que contiene el nb de casos / controles que llevan un haplotipo
--archivo-salida | o archivo_salida
- tipo de datos | t DNA | SNP
--data-qual | q cualitativo | cuantitativo
--outgroup nombre_grupo_externo
--eliminar grupo externo
- programa de construcción de árboles | p phylip | paup | paml
--splitmode | s nosplit | chi2split
--no prolongación
--chi2-umbral | valor n
--permutaciones | número r
--number-of-trees-to-analysis number
--número de árbol para analizar
--s-site-number número
--s-site-characters estado ancestral -> estado derivado
--co-evo | e simple | doble
- árbol de impresión
--anc-seq secuencia ancestral (solo con phylip)
--nb-files número de archivos de entrada para analizar (solo para prueba de asociación)

OPCIONES

--versión
Imprime la versión del programa y sale.

- ayuda corta
Imprime un breve mensaje de ayuda y sale.

--ayuda Imprima un mensaje de ayuda con descripciones de opciones y salidas.

--hombre Imprime la página del manual y sale.

--asociación | a
Realizar la prueba de asociación

--s-localización | l
Localizar el locus de susceptibilidad utilizando el "método del carácter S"

--primer-archivo-de-entrada | i resultado_archivo
Archivo de entrada 1 (archivo de resultados paup, phylip o paml). Si varios archivos de entrada son
analizados, sus nombres deben estar separados por dos puntos. Ejemplo: input1: input2 etc

--segundo-archivo-de-entrada | j correspon_archivo
Archivo de entrada 2, predeterminado corresponder.txt. El número de archivo de entrada 2 debe ser el mismo
como el número de archivo de entrada 1. El nombre del archivo de entrada diferente 2 debe ser
separados por dos puntos

--archivo-de-salida | o archivar
Archivo de salida

- tipo de datos | t "ADN" | "SNP"
Tipo de datos: ADN (ATGCU) o SNP (0-1)

--data-qual | q "cualitativo" | "cuantitativo"
Analizar datos cualitativos (caso / control) o cuantitativos

--grupo grupo externo
Arraiga el árbol con este grupo externo

--eliminar grupo externo
Eliminar el grupo externo del árbol antes de realizar las pruebas

- programa de construcción de árboles | p "phylip" | "paup" | "paml"
Programa de reconstrucción de filogenia

--splitmode | s "nosplit" | "chi2split"
cómo se realizan las pruebas de un nivel a otro

--no prolongación
Sin prolongación de ramas en el árbol.

- umbral de chi2 | n propuesta de
Umbral de significancia para chi2 (valor predeterminado 0.01)

--permutaciones | r número
Número de permutaciones utilizadas para calcular p_values ​​exactos (solo para asociación
prueba)

- número-de-árboles-para-analizar número
Número de árboles para analizar en el análisis de localización (solo para localización
método usando el carácter S)

--árbol para analizar número
Con esta opción, puede especificar el árbol que se utilizará (en lugar de aleatorio). Puede ser usado
varias veces para especificar varios árboles.

--s-número-sitio número
Número del sitio del carácter S en la secuencia (solo para el método de localización usando
Carácter S)

--s-site-caracteres transición
Estados de carácter para el carácter S: estado ancestral -> estado derivado ex: G-> C o
0-> 1 (solo para el método de localización con carácter S)

--co-evo | e "simple" | "doble"
Tipo de índice de coevolución
simple: solo se usa la transición anc -> der de S
doble: se utilizan las dos posibles transiciones

- árbol de impresión
Si se selecciona esta opción, el árbol se imprimirá en la salida

--anc-seq anc_seq
Con esta opción, puede especificar la secuencia ancestral. Esta opción es solo
útil cuando el árbol se reconstruye utilizando el programa de mezcla de phylip con el
estados ancestrales especificados en el archivo "ancestros"

--nb-archivos número
Con esta opción, especifica el número de archivos de entrada (1 y 2) para analizar Este
La opción solo funciona para la prueba de asociación. Tenga cuidado si la cantidad de árboles es
no es lo mismo para los diferentes archivos de entrada: si el árbol elegido no existe en
un archivo, el programa no funcionará correctamente

DESCRIPCIÓN

Este programa realiza

(a) una prueba de asociación entre un gen candidato y una enfermedad o un rasgo cuantitativo

(b) una prueba de localización: permite detectar qué SNP está involucrado en el determinismo de
la enfermedad o el rasgo cuantitativo

Estas dos pruebas se basan en el análisis de árboles filogenéticos de haplotipos.

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