Este es el comando amap que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
amap - Alineación múltiple de proteínas mediante recocido de secuencias
SINOPSIS
un mapa [OPCIÓN] [ARCHIVO MFA] [ARCHIVO MFA]
DESCRIPCIÓN
AMAP es una herramienta para realizar múltiples alineamientos de secuencias peptídicas. Utiliza posterior
decodificación, y una alineación de recocido de secuencia, en lugar del tradicional progresivo
método de alineación. Es el único programa de alineación que permite controlar el
compensación de sensibilidad / especificidad. Se basa en el código fuente de ProbCons, pero utiliza
precisión métrica de alineación y elimina la transformación de consistencia.
En su configuración predeterminada, AMAP está ajustado para maximizar la métrica de alineación esperada
Puntuación de precisión (AMA): una nueva medida de precisión de alineación, basada en una métrica para
espacio de alineación múltiple, que integra sensibilidad y especificidad en un solo
medida equilibrada. AMA se define como la fracción de residuos alineados correctamente (ya sea para
otro residuo o un hueco) del número total de residuos en todas las secuencias.
un mapa alinea las secuencias proporcionadas en formato MFA. Este formato consta de múltiples secuencias.
Cada secuencia en formato MFA comienza con una descripción de una sola línea, seguida de líneas de
datos de secuencia. La línea de descripción se distingue de los datos de secuencia por un
símbolo mayor que (“>”) en la primera columna.
OPCIONES
-clustalw
use el formato de salida CLUSTALW en lugar de MFA
-c --consistencia REPETICIONES
usar 0 <= REPETICIONES <= 5 (predeterminado: 0) pasadas de transformación de consistencia
-ir - refinamiento literario REPETICIONES
usar 0 <= REPETICIONES <= 1000 (predeterminado: 0) pasadas de refinamiento iterativo
-pre --Pre-entrenamiento REPETICIONES
usar 0 <= REPETICIONES <= 20 (predeterminado: 0) rondas de preentrenamiento
-pares
generar alineaciones por pares de todos los pares
-viterbi
utilizar el algoritmo de Viterbi para generar todos los pares (habilita automáticamente -pares)
-v --verboso
Informar el progreso durante la alineación (predeterminado: desactivado)
-no NOMBRE DEL ARCHIVO
escribir anotación para alineación múltiple a NOMBRE DEL ARCHIVO
-t --tren NOMBRE DEL ARCHIVO
calcular las probabilidades de transición EM, almacenar en NOMBRE DEL ARCHIVO (predeterminado: sin entrenamiento)
-e - emisiones
también vuelva a estimar las probabilidades de emisión (predeterminado: desactivado)
-p --paramfile NOMBRE DEL ARCHIVO
leer parámetros de NOMBRE DEL ARCHIVO (defecto: )
-a --orden de alineación
imprimir secuencias en orden de alineación en lugar de en el orden de entrada (predeterminado: desactivado)
-g - factor de brecha GF
use GF como parámetro de factor de brecha, establezca en 0 para obtener la mejor sensibilidad, valores más altos para
mejor especificidad (por defecto: 0.5)
-w - umbral de peso de borde W
Detenga el proceso de recocido de secuencia cuando el mejor borde tenga un peso menor que el W, establecido en 0
para una mejor sensibilidad, valores más altos para una mejor especificidad (predeterminado: 0)
-prog --progresivo
use la alineación progresiva en lugar de la alineación de recocido de secuencia (predeterminado: desactivado)
-sin orden - sin reordenamiento de bordes
deshabilitar el reordenamiento de los bordes durante la alineación de recocido de secuencia (predeterminado: desactivado)
-maxpaso --use-max-stepsize
utilizar el tamaño de paso de mejora máximo en lugar de la clasificación de borde tGf (predeterminado: desactivado)
-impresión --print-posteriores
imprimir solo las matrices de probabilidad posterior (predeterminado: desactivado)
-gui EMPIEZA PASO
Salida de impresión para la GUI basada en Java AMAP Display (predeterminado:) comenzando en el peso EMPIEZA
(predeterminado: infinito) con tamaño de paso PASO (defecto: )
EJEMPLOS
Para ejecutar AMAP con las opciones predeterminadas, cambie a la alinear directorio y tipo:
% un mapa
Si no se proporciona un nombre de archivo, se imprime la lista de opciones.
Para utilizar la pantalla AMAP, ejecute AMAP con la opción -gui y guarde la salida en un
file, luego use el archivo como entrada para AmapDisplay. Por ejemplo, escriba:
% alinear / amap -gui ejemplos / BB12020.tfa > ejemplos / BB12020.tfa.out
% Java -jar display / AmapDisplay.jar ejemplos / BB12020.tfa.out
(en los sistemas Debian, el ejemplos el directorio está en / usr / share / doc / amap-align / examples
NOTA
En versiones anteriores (<2.0-1) del paquete para sistemas Debian (TM), el un mapa el mando fue
rebautizado amap-alinear porque ya existía otra herramienta llamada un mapa (que realiza algunos
diagnósticos de redes informáticas). Un enlace simbólico amap-alinear todavía se proporciona para actualización
propósitos, pero se eliminará en versiones de Debian posteriores a Etch (Debian 4.0).
Utilice amap en línea utilizando los servicios de onworks.net