Este es el comando asn2fsa que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
asn2fsa - convierte datos de secuencia biológica de ASN.1 a FASTA
SINOPSIS
asn2fsa [-] [-A según] [-D] [-E] [-H] [-L nombre de archivo] [-T] [-a tipo] [-b] [-c] [-d camino]
[-e N] [-f camino] [-g] [-h nombre de archivo] [-i nombre de archivo] [-k] [-l] [-m] [-o nombre de archivo] [-p camino]
[-q nombre de archivo] [-r] [-s] [-u] [-v nombre de archivo] [-x str] [-z]
DESCRIPCIÓN
asn2fsa convierte los datos de la secuencia biológica de ASN.1 a FASTA.
OPCIONES
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-A según Adhesión para buscar
-D Usa Dash para Gap
-E Seq-ids extendidos
-H Intervalos de HTML
-L nombre de archivo
Archivo de registro
-T Usar hilos
-a tipo
Tipo de entrada ASN.1:
a Automático (predeterminado)
z Cualquiera
e Entrada secuencial
b biosec
s Conjunto Bioseq
m Seq-enviar
t procesamiento por lotes (adecuado para lanzamientos oficiales; autodetecta un tipo específico)
-b Bioseq-set es binario
-c Bioseq-set está comprimido
-d camino
Ruta a la base de datos ReadDB
-e N Longitud de la línea (70 por defecto; puede variar de 10 a 120)
-f camino
Ruta a los datos indexados de FASTA
-g Expandir los espacios delta en Ns
-h nombre de archivo
Nombre de archivo de salida de caché de componentes lejanos
-i nombre de archivo
Archivo de entrada única (entrada estándar por defecto)
-k Recuperación local
-l Bloquear componentes por adelantado
-m Estilo maestro para secuencias casi segmentadas
-o nombre de archivo
Nombre del archivo de salida de nucleótidos
-p camino
Ruta a los archivos ASN.1
-q nombre de archivo
Nombre del archivo de salida de la puntuación de calidad
-r Recuperación remota de NCBI
-s Contig genómico lejano para puntajes de calidad
-u Recuento
-v nombre de archivo
Nombre del archivo de salida de proteínas
-x str Subcadena de selección de archivos (.ent por defecto) [String]
-z Brecha de puntuación de calidad de impresión como -1
Utilice asn2fsa en línea utilizando los servicios de onworks.net
