Este es el comando autogrid4 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
autogrid: preparación de proteínas y ligandos para el análisis AutoDock
SINOPSIS
autogrid4 [opciones] -p archivo de parámetros de cuadrícula
DESCRIPCIÓN
Cuadrícula automática prepara una representación de cuadrícula en 3D de las energías de interacción no covalente que
varios tipos de átomos de ligandos especificados por el usuario experimentarán alrededor de un objetivo especificado por el usuario
macromolécula. Además, la red de energía libre de potencial electrostático y desolvatación
también se pueden calcular mapas. Los mapas de cuadrícula se almacenan en archivos de texto sin formato con la
extensión '.map' y AutoDock 4 los requiere para realizar acoplamientos. AutoGrid también
genera un archivo '.xyz' que describe las extensiones espaciales del cuadro de cuadrícula, y un AVS
campo '.fld' archivo que describe el conjunto coherente de mapas de cuadrícula de afinidad atómica que
se calcularon juntos para una macromolécula diana dada. Nota: es necesario
calcular mapas de cuadrícula para todos los tipos de átomos en el ligando o conjunto de ligandos que serán
acoplado, así como un mapa de cuadrícula de potencial electrostático y un mapa de energía libre de desolvación.
Por ejemplo, si un ligando tiene un carbono alifático y un oxígeno que acepta enlaces de hidrógeno
átomo, sería necesario calcular tanto un mapa 'C' como un mapa 'OA'. Ver
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
para obtener más información sobre los tipos de átomos de AutoDock 4.
La entrada a AutoGrid se prepara mejor con el paquete de programas AutoDockTools. No hay
forma de ejecutar autodock4 sin una cuadrícula.
OPCIONES
-o Utilice el formato antiguo de PDBq (q en las columnas 55-61)
-u Información de uso, también -h en Debian.
-d Mayor verbosidad de los mensajes para ayudar a la depuración.
-l archivo de registro
-p nombre de archivo Especifica el archivo de parámetros de cuadrícula
EJEMPLO
Una variedad de pruebas está disponible con las fuentes de AutoGrid que se pueden usar de la siguiente manera:
$ D = / usr / share / doc / autogrid / Pruebas
$ cd / Tmp
$ ln -s $ D / AD4_parameters.dat.
$ gunzip -c $ D / hsg1_sm.pdbqt.gz> hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $ D / hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Este comando prepara archivos de mapa de cuadrícula para cada uno de los tipos de átomos de AutoDock especificados en el
archivo de parámetros de cuadrícula (en este caso: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), el AVS
archivo de campo (hsg1_sm.maps.fld) y hsg1_sm.maps.xyz. Para realizar el cálculo de amartillado,
Se debe ejecutar AutoDock, aunque exige un archivo de parámetros de acoplamiento separado (con
extensión .dpf). El 'DPF' se refiere a los archivos de mapa de cuadrícula que son necesarios para el acoplamiento
y permite la configuración de otros parámetros importantes, como el método de búsqueda y cómo
muchos atraques para realizar.
Use autogrid4 en línea usando los servicios de onworks.net
