Este es el comando bash5tools que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bash5tools: herramienta para extraer datos de archivos .bas.h5
SINOPSIS
herramientas bash5 [-h] [--detallado] [--versión] [--perfil] [--depuración] [--outFilePrefix
OUTFILEPREFIX] [--readType {ccs, subreads, unrolled}] [--outType OUTTYPE] [--minLength
LONGITUD MIN] [--minReadScore MINREADSCORE] [--minPasses MINPASSES] input.bas.h5
OPCIONES
posicional argumentos:
entrada.bas.h5
entrada .bas.h5 nombre de archivo
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--verboso, -v
Establecer el nivel de verbosidad (predeterminado: Ninguno)
--versión
mostrar el número de versión del programa y salir
--perfil
Imprimir perfil de tiempo de ejecución al salir (predeterminado: falso)
--depurar
Detectar excepciones en el depurador (requiere ipdb) (predeterminado: falso)
--outFilePrefix PREFIJO DE ARCHIVO
prefijo de nombre de archivo de salida [Ninguno]
--tipo de lectura {ccs, subreads, unrolled}
tipo de lectura (ccs, subreads o desenrollado) []
--tipo de salida FUERA DE TIPO
tipo de archivo de salida (fasta, fastq) [fasta]
Read filtración argumentos:
--longitud mínima LONGITUD MÍNIMA
longitud mínima de lectura [0]
--minReadScore PUNTUACIÓN MINREADS
puntuación mínima de lectura, válida solo con --readType ={unrolled, subreads} [0]
--minPases PASES MIN
número mínimo de pases CCS, válido solo con --tipo de lectura=ccs [ 0 ]
Use bash5tools en línea usando los servicios de onworks.net
