Este es el comando bp_fast_load_gffp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_fast_load_gff.pl - Carga rápida una base de datos Bio :: DB :: GFF desde archivos GFF.
SINOPSIS
% bp_fast_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa características1.gff características2.gff ...
DESCRIPCIÓN
Este script carga una base de datos Bio :: DB :: GFF con las características contenidas en una lista de GFF
archivos y / o archivos de secuencia FASTA. Debe utilizar la variante exacta de GFF descrita en
Bio :: DB :: GFF. Varias opciones de línea de comandos le permiten controlar qué base de datos cargar
y si permitir que se sobrescriba una base de datos existente.
Este script es similar a load_gff.pl, pero es mucho más rápido. Sin embargo, está codificado para
usa MySQL y probablemente solo funcione en plataformas Unix debido a su dependencia de las tuberías. Ver
bp_load_gff.pl para un cargador incremental que funciona con todas las bases de datos admitidas por
Bio :: DB :: GFF y bp_bulk_load_gff.pl para un cargador MySQL rápido que admite todas las plataformas.
NOTAS
Si el nombre del archivo se da como "-", la entrada se toma de la entrada estándar. Comprimido
Los archivos (.gz, .Z, .bz2) se descomprimen automáticamente.
Los archivos con formato FASTA se distinguen de los archivos GFF por sus extensiones de nombre de archivo. Archivos
que terminan en .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna y sus variantes en mayúsculas se tratan como FASTA
archivos. Todo lo demás se trata como un archivo GFF. Si desea cargar archivos -fasta desde
STDIN, luego use la línea de comando -f swith con un argumento de '-', como en
gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d prueba -f -
La naturaleza de la carga requiere que la base de datos esté en la máquina local y que el
el usuario indicado tiene el privilegio de "archivo" para cargar las tablas y tener suficiente espacio en
/ usr / tmp (o lo que sea especificado por la variable de entorno \ $ TMPDIR), para mantener el
tablas de forma transitoria. Si su MySQL es la versión 3.22.6 y se compiló con el comando "load
"archivo local", entonces es posible que pueda cargar bases de datos remotas con datos locales usando
la opción --local.
Acerca de maxfeature: el valor predeterminado es 100,000,000 bases. Si tiene funciones que son
cerca o más de 100 Mb de longitud, entonces el valor de maxfeature debe aumentarse
hasta 1,000,000,000. Este valor debe ser una potencia de 10.
Si la lista de archivos GFF o fasta excede el límite del kernel para el número máximo de
argumentos de la línea de comandos, use la opción --long_list / path / to / files.
El adaptador utilizado es dbi :: mysqlopt. Actualmente no hay forma de cambiar esto.
LÍNEA DE COMANDO OPCIONES
Las opciones de la línea de comandos se pueden abreviar a opciones de una sola letra. por ejemplo, -d en lugar de
--base de datos.
--base de datos Nombre de la base de datos mysql
- crear Reinicializar / crear tablas de datos sin preguntar
--local Intenta cargar una base de datos remota usando datos locales.
--usuario Nombre de usuario para iniciar sesión como
--fasta Archivo o directorio que contiene archivos fasta para cargar
--password Contraseña que se utilizará para la autenticación
--long_list Directorio que contiene una gran cantidad de
Archivos GFF y / o FASTA
--maxfeature Establece el valor del tamaño máximo de función (predeterminado 100Mb; debe ser una potencia de 10)
--group Una lista de uno o más nombres de etiquetas (separados por comas o espacios)
que se utilizará para agrupar en la novena columna.
--gff3_munge Activa GFF3 name munging (ver Bio :: DB :: GFF)
--summary Genera estadísticas de resumen para dibujar histogramas de cobertura.
Esto se puede ejecutar en una base de datos previamente cargada o durante
la carga.
: Ubicación temporal de un directorio temporal grabable
Use bp_fast_load_gffp en línea usando los servicios de onworks.net
