Este es el comando bp_mask_by_searchp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_mask_by_search - secuencia (s) de máscara en función de sus resultados de alineación
SINOPSIS
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls> maskedgenome.fa
DESCRIPCIÓN
Secuencia de máscara basada en alineaciones significativas de otra secuencia. Necesitas proporcionar
el archivo de informe y todos los datos de secuencia que desea enmascarar. Por defecto, esto
suponga que ha hecho un TBLASTN (o TFASTY) e intente enmascarar la secuencia de aciertos asumiendo
ha proporcionado el archivo de secuencia para la base de datos de visitas. Si desea hacer el
Invertir y enmascarar la secuencia de consulta especifica la marca de consulta de tipo -t / -.
Esto se leerá en la memoria en todo el archivo de secuencia, por lo que para genomas grandes esto puede
caerse. Estoy usando DB_File para evitar mantener todo en la memoria, una solución es
dividir el genoma en pedazos (ANTES de ejecutar la búsqueda de base de datos, sin embargo, desea utilizar el
archivo exacto con el que BLASTed como entrada a este programa).
Debajo de las opciones de guión doble (-) son de la forma --format = fasta o --format fasta o usted
solo puedo decir -f fasta
Por -f / - formato me refiero a cualquiera de las dos opciones aceptables. El = s o = n o = c especifican estos
los argumentos esperan una 'cadena'
Opciones:
-f / - format = s Formato de informe de búsqueda (fasta, blast, axt, hmmer, etc.)
-sf / - sformat = s Formato de secuencia (fasta, genbank, embl, swissprot)
- hardmask (booelean) Máscara dura la secuencia
con maskchar [la máscara predeterminada es en minúsculas]
--maskchar = c Carácter para enmascarar con [el valor predeterminado es N], cambiar
a 'X' para secuencias de proteínas
-e / - evalue = n Evaluar el punto de corte para HSP y hits, solo
secuencia de máscara si la alineación ha especificado evalue
o mejor
-o / - fuera /
--outfile = archivo Archivo de salida para guardar la secuencia enmascarada.
-t / - type = s Tipo de secuencia de alineación que desea enmascarar, el
'hit' o la secuencia de 'consulta'. [el valor predeterminado es "hit"]
--minlen = n Longitud mínima de un HSP para su uso
en enmascaramiento [predeterminado 0]
-h / - ayuda Ver esta información de ayuda
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-en-bioperl-dot-org.
Utilice bp_mask_by_searchp en línea utilizando los servicios de onworks.net
