Este es el comando ClonalFrame que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ClonalFrame: inferencia de microevolución bacteriana utilizando datos de secuencia multilocus
SINOPSIS
ClonalFrame [OPCIONES] archivo de entrada archivo de salida
DESCRIPCIÓN
ClonalFrame identifica las relaciones clonales entre los miembros de una muestra, mientras
también estimar la posición cromosómica de eventos de recombinación homóloga que han
interrumpió la herencia clonal.
Opciones:
-x NUM Establece el número de iteraciones después del quemado (el valor predeterminado es 50000)
-y NUM Establece el número de iteraciones de quemado (el predeterminado es 50000)
-z NUM Establece el número de iteraciones entre muestras (el valor predeterminado es 100)
-e NUM Establece el número de movimientos de intercambio de rama por iteraciones (el valor predeterminado es que la mitad de
el tiempo se pasa cambiando de sucursal)
-m NUM Establece el valor inicial de theta en NUM (el valor predeterminado es la estimación de Watterson)
-d NUM Establece el valor inicial de delta en NUM (el valor predeterminado es 0.001)
-n NUM Establece el valor inicial de nu en NUM (el valor predeterminado es 0.01)
-r NUM Establece el valor inicial de R en NUM (el valor predeterminado es theta inicial / 10)
-M Actualiza el valor de theta
-D No actualice el valor de delta
-N No actualice el valor de nu
-R No actualice el valor de R
-T No actualice la topología
-A No actualice las edades de los nodos
-G Eliminar todos los huecos
-H Eliminar todos los espacios en posiciones no polimórficas
-t NUM Indique qué árbol inicial usar: 0 para un árbol nulo, 1 para un árbol elegido uniformemente
árbol coalescente y 2 para árbol UPGMA (predeterminado)
-w ARCHIVO
Utilice el archivo Newick para el árbol inicial
-a NUM Establece el primer parámetro de la distribución previa beta de nu
-b NUM Establece el segundo parámetro de la distribución previa beta de nu
-U Use uniformes a priori para rho, theta y delta
-B Ejecutar en modo RÁFAGA
-C Ejecutar en modo UPGMA con un procedimiento de arranque sitio por sitio
-c Ejecutar en modo UPGMA con un procedimiento de arranque fragmento por fragmento
-S NUM Establece la semilla para el generador de números aleatorios en NUM
-E NUM Establece la tasa de crecimiento exponencial (el valor predeterminado es 0)
-I Ignora el primer bloque de la alineación
-L Limpiar la alineación antes de ejecutar ClonalFrame
-l Distancia mínima entre dos sitios de referencia (el valor predeterminado es 50)
-v Modo detallado
Use ClonalFrame en línea usando los servicios de onworks.net
