cmtk-groupwise_warp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

groupwise_warp - Registro de población no rígido

SINOPSIS

groupwise_warp [opciones] affineGroupRegistration

DESCRIPCIÓN

Esta herramienta registra de forma no rígida una población de imágenes de entrada simultáneamente, sin
plantilla, utilizando el algoritmo de 'congelación' o una medida de similitud grupal basada
en una aproximación continua de información mutua ('RMI').

OPCIONES

Global Herramientas De Seguros (estas están compartido by all CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.

--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.

--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.

--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.

--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.

--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.

- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.

--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).

--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).

Inscribirse Métricos De Seguros
--rmi
Utilice la métrica RMI (también conocida como información mutua regional) para impulsar el registro.

--congelar
Utilice el algoritmo de congelación utilizando entropías de pila a nivel de píxeles para impulsar el
registro. [Esta is los defecto]

Plantilla Imagen De Seguros
--plantilla , -t
Reemplazar la imagen de la plantilla con el archivo dado. [Defecto: NINGUNO]

- plantilla-con-datos , -T
Utilice los datos de píxeles de las imágenes de plantilla proporcionadas por el usuario en el registro [Defecto: discapacitado]

Multuresolución parámetros
--downnsample-from , -d
Factor de reducción de muestreo inicial [4]. [Defecto: 4]

--downnsample-to , -D
Factor de reducción de resolución final [1]. [Defecto: 1]

--densidad de muestreo , -s
Densidad probabilística de muestreo [predeterminado: desactivado]. [Defecto: -dieciséis]

Salida De Seguros
--salida-raíz , -O
Directorio raíz para todos los archivos de salida. [Defecto: NINGUNO]

--producción , -o
Nombre de archivo de salida para el archivo de registro de grupo. [Defecto: grupo.xforms ]

--salida-promedio
Nombre de archivo de salida para la imagen promedio registrada. [Defecto: media.nii ]

--no-salida-promedio
No escriba una imagen promedio.

--cúbico medio
Utilice la interpolación cúbica para la imagen promedio (predeterminado: lineal)

Imagen De Seguros y Operaciones
--force-fondo , -B
Fuerza los píxeles de fondo (fuera del campo de visión) al valor dado (bin). [Defecto: discapacitado]

- contenedores de histogramas , -H
Establezca el número de contenedores de histograma para la evaluación de la entropía. [Defecto: discapacitado]

- histogramas de cultivos
Recorte los histogramas de imágenes para hacer un mejor uso de las bandejas de histogramas.

- histogramas de coincidencia
Haga coincidir todos los histogramas de imagen con los datos de la plantilla (o la primera imagen, si no hay ninguna imagen de plantilla
dado)

- histogramas de repetición de coincidencias
Repita con frecuencia la coincidencia de intensidad basada en histogramas para tener en cuenta los cambios de volumen
dimensiones.

- píxeles suaves
Sigma del kernel de suavizado gaussiano en múltiplos del tamaño de píxel de la imagen de la plantilla
[Defecto: discapacitado]

--suave-cps
Sigma del kernel de suavizado gaussiano en múltiplos de delta del punto de control [Defecto:
discapacitado]

parámetros
--espaciado de la cuadrícula
Espaciado de cuadrícula de puntos de control. [Defecto: 40]

- ajuste de espaciado de rejilla
Use un espaciado de cuadrícula que se ajuste al campo de visión del volumen

--refinar-cuadrícula , -r
Número de veces para refinar la cuadrícula de transformación [predeterminado: 0]. [Defecto: 0]

Restricción De Seguros
- suma cero, -z
Hacer cumplir el cálculo de suma cero.

- cero-suma-no-afín
Hacer cumplir el cálculo de suma cero EXCLUYENDO los componentes afines.

- grupo-normal-primero-n , -N
Las primeras N imágenes pertenecen al grupo normal y deben registrarse sin sesgo.
[Defecto: 0]

- cero-suma-primero-n , -Z
Aplique el cálculo de suma cero para las primeras N imágenes. [Defecto: discapacitado]

- peso jacobiano , -J
Peso para la restricción de preservación de volumen jacobiano [predeterminado: desactivado] [Defecto: 0]

--energía-de-flexión-peso , -E
Peso de la restricción de regularización de energía de flexión de la red [predeterminado: desactivado] [Defecto: 0]

Optimización parámetros
--exploración , -e
Exploración de optimización en píxeles [Defecto: 0.25]

--precisión , -a
Precisión de optimización en píxeles [Defecto: 0.01]

- factor de paso , -S
Factor de paso para sucesivas pasadas de optimización [Defecto: 0.5]

--delta-f-umbral
Umbral opcional para terminar la optimización (nivel) si el cambio relativo del objetivo
la función cae por debajo de este valor. [Defecto: 0]

- umbral-gradiente-parcial , -p
Factor de umbral para la puesta a cero del gradiente parcial [<0 apagar] [Defecto: 0]

--activar-no informativo
Activar puntos de control potencialmente poco informativos

--disable-cp-máscara
Ruta a la imagen de máscara (cuadrícula de plantilla coincidente) que define áreas en las que los puntos de control
debe estar deshabilitado. Esto garantiza que las áreas de primer plano de la máscara no se deforman.
[Defecto: NINGUNO]

--desactivar-optimización
Desactive la configuración inicial de optimización y salida.

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

Use cmtk-groupwise_warp en línea usando los servicios de onworks.net