Este es el comando convertPolishes que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
sim4dbutils: utilidades para trabajar con archivos de alineación generados por sim4db
convertPolishes - convierte entre formatos sim4db y GFF3
filterPolishes: alineaciones de filtros basadas en la identidad, la cobertura y la longitud de la secuencia.
mergePolishes: fusiona alineaciones de varios archivos
sortPolishes: ordena las alineaciones por ADNc o índice de secuencia genómica o nombre de secuencia
convertToExtent: convierte del formato sim4db a un formato delimitado por tabulaciones de una sola línea
fixPolishesIID: actualiza un archivo sim4db para usar el índice de secuencia de un archivo fasta específico.
También se puede utilizar para extraer un subconjunto de las alineaciones del archivo sim4db.
depthOfPolishes: genera un histograma delimitado por tabuladores de la profundidad de los pulidos en varios
tamaños de ventana.
headPolishes: imprime las primeras N alineaciones en un archivo, similar a cabeza(1)
pickBestPolish: informe solo la 'mejor' alineación para cada ADNc
pickUniquePolish: informa las alineaciones en las que existe una clara mejor alineación para
cada ADNc.
plotCoverageVsIdentity: genera (1) un histograma del porcentaje de identidad, (2) un
histograma del porcentaje de cobertura, y (3) una lista de porcentaje de identidad y cobertura (para
utilizar en un diagrama de dispersión).
uniqPolishes: filtra todas las alineaciones de ADNc con alineaciones múltiples (-uniq) o
con una sola alineación (-dupl). Similar a uniq(1)
realignPolishes: vuelve a calcular las alineaciones enumeradas en un archivo sim4db.
reportAlignmentDifferences: genera un histograma de los tipos de errores en un conjunto de
alineaciones No compatible y
comparePolishes: correlacione las alineaciones en dos archivos.
convertToAtac: convierte del formato sim4db al formato ATAC.
detectChimera: examina las alineaciones en busca de secuencias que puedan ser quiméricas.
mappedCoverage: informa la cantidad de la secuencia de consulta (EST, cDNA) que está cubierta por
alineaciones.
parseSNP: analiza las alineaciones de los SNP.
removeDuplicate: busca en la entrada alineaciones duplicadas.
vennPolishes: genera un diagrama de Venn para varios archivos sim4db. Usado internamente by
ESTMapeador pulidos limpios
resumir
DESCRIPCIÓN
Estos programas son una gama de utilidades con las que trabajar. sim4db(1) archivos de alineación generados.
Utilice convertPolishes en línea utilizando los servicios de onworks.net
