Este es el comando correct_abundances que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
correct_abundances: ejecuta el paso de corrección de similitud de abundancia del genoma
SINOPSIS
abundancias_correctas NOMBRES
DESCRIPCIÓN
Ejecute el paso de corrección de similitud.
Nota: aunque es posible ejecutar los mapeadores de lectura a mano o crear la similitud
matriz de forma manual, recomendamos encarecidamente utilizar los scripts de Python proporcionados 'run_mappers.py'
y 'create_similarity_matrix.py'.
OPCIONES
NOMBRES: Nombre de archivo del archivo de nombres; el archivo de nombres de texto sin formato debe contener un nombre por
línea. El nombre se utiliza como identificador en todo el algoritmo.
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-m SMAT, - matriz de similitud=SMAT
Ruta al archivo de matriz de similitud. La matriz de similitud debe crearse con el mismo
Archivo NAMES. [predeterminado: ./similarity_matrix.npy]
-s Sam, --archivos de muestra=SAM
Patrón que apunta a los archivos SAM creados por el asignador. Marcador de posición para el nombre
es "% s". [predeterminado: ./SAM/%s.sam]
-b BOTA, --bootstrap-muestras=BARCO
Establezca el número de muestras de bootstrap. Use 1 para deshabilitar el bootstrapping [predeterminado: 100]
-o AFUERA, --producción=OUT
Archivo de salida de texto sin formato que contiene los resultados. [predeterminado: ./results.txt]
Use correct_abundances en línea usando los servicios de onworks.net
