Este es el comando cpgplote que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
cpgplot - Identificar y trazar islas CpG en secuencia (s) de nucleótidos
SINOPSIS
gráfica cpg -secuencia Seqall -ventana entero -minlen entero -minoe flotar -minpc flotar
-archivo de salida archivar -trama palanca -grafico xígrafo -obsexp booleano -cg booleano
-ordenador personal booleano derrota hazaña
gráfica cpg -ayuda
DESCRIPCIÓN
gráfica cpg es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: CpG Islands".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia Seqall
Requerido .
-ventana entero
El porcentaje de contenido de GC y la frecuencia observada de GC se calcula dentro de un
ventana cuyo tamaño es establecido por este parámetro. La ventana se mueve hacia abajo en la secuencia y
estas estadísticas se calculan en cada posición a la que se mueve la ventana. Defecto
valor: 100
-minlen entero
Esto establece la longitud mínima que debe tener una isla CpG antes de que se informe.
Valor predeterminado: 200
-minoe flotar
Esto establece el promedio mínimo observado a la relación esperada de C más G a CpG en un conjunto
de 10 ventanas que se requieren antes de que se informe una isla CpG. Valor predeterminado: 0.6
-minpc flotar
Esto establece el porcentaje promedio mínimo de G más C un conjunto de 10 ventanas que son
requerido antes de que se informe una isla CpG. Valor predeterminado: 50.
Salida .
-archivo de salida archivar
Esto establece el nombre del archivo que contiene el informe del nombre de la secuencia de entrada, CpG
parámetros de la isla y los detalles de salida de cualquier isla CpG que se encuentre.
-trama palanca
Valor predeterminado: Y
-grafico xígrafo
-obsexp booleano
Si esto se establece en verdadero, entonces la gráfica de la relación observada y esperada de C más G a
Se muestra CpG dentro de una ventana. Valor predeterminado: Y
-cg booleano
Si esto se establece en verdadero, entonces el gráfico de las regiones que se ha determinado que son
Se muestran islas CpG. Valor predeterminado: Y
-ordenador personal booleano
Si se establece en verdadero, entonces el gráfico del porcentaje C más G dentro de una ventana es
desplegado. Valor predeterminado: Y
derrota hazaña
Archivo para características de salida
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