Este es el comando dawg que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
dawg - ensamblaje de ADN con espacios, un simulador de secuencia de ADN
DESCRIPCIÓN
Conjunto de ADN de liberación dawg 1.2 con espacios Copyright © 2004-2009 Reed A. Cartwright
dawg - [scubvhqew?] [-o archivo de salida] archivo1 [archivo2 ...]
-s: procesa archivos en serie [predeterminado]
-c: procesar archivos combinados
-u: salida sin búfer
-b: salida en búfer [predeterminado]
-q: deshabilita los informes de error y advertencia (silencioso)
-e: habilitar informes de errores [predeterminado]
-w: habilitar informes de advertencia [predeterminado]
-v: muestra la información de la versión
-h: muestra información de ayuda
-?: igual que -h
-o outputfile: anula el nombre del archivo de salida en el archivo de configuración
Dawg leerá stdin si el nombre del archivo es "-".
FORMATO DE ARCHIVO
El formato de archivo toma una serie de declaraciones en forma de "nombre = valor", donde
"nombre" es alfanumérico y el valor puede ser una cadena, un número, un booleano, un árbol o un vector.
de valores. Una sola variable es equivalente a un vector de una sola entrada.
cadena: "[secuencia de caracteres]"
'[secuencia de caracteres]' "" "[secuencia de caracteres de varias líneas]" "" (nuevas líneas iniciales y finales de rm)
'' '[secuencia de caracteres de varias líneas]' '' (kp líneas nuevas iniciales y finales)
número: [signo] dígitos [. dígitos] [(e | E) [signo] dígitos] booleano: verdadero | falso árbol: Newick
Vector de formato: {valor, valor, ...}
OPCIONES
Nombre Tipo Descripción
---------------------------------
Filogenia del árbol VT
Escala de árbol
Coeficiente N para escalar las longitudes de las ramas por
Secuencia
VS secuencias raíz
Longitud VN longitud de las secuencias raíz generadas
Tasas VVN Tasa de evolución de cada nucleótido de la raíz
Modelo S modelo de evolución: GTR | JC | K2P | K3P | HKY | F81 | F84 | TN
Frec Frecuencias de nucleótidos VN (ACGT)
Params VN parámetros para el modelo de evolución
Ancho N ancho de bloque para indeles y recombinación
Escala las escalas de posición del bloque VN
Coeficientes de varianza Gamma VN para heterogeneidad de tasas
Parámetros de forma de Alpha VN
Proporciones de Iota VN de sitios invariantes
Modelo de brecha
Modelos VS de formación de indel: NB | PL | US
Tasas de formación de indel lambda VN
GapParams
Parámetro VVN para el modelo indel
Número de repeticiones N de conjuntos de datos para generar
Archivo de salida File S
Formato de salida Format S: Fasta | Nexus | Phylip | Clustal
GapSingleChar
B brechas de salida como un solo carácter
Gap Plus
B distinguir inserciones de deleciones en alineación
MantenerFlanco
N regiones flanqueantes indelebles N núcleos de secuencia
Mantener vacío
B preservar las columnas vacías en la alineación final
Minúsculas
Secuencias de salida B en minúsculas
Traducir
B traduce las secuencias emitidas a aminoácidos
Seed VN generador de números pseudoaleatorios semilla (enteros)
Fuera, bloque, cabeza
Cadena S para insertar al inicio de la salida
Fuera.Block.Tail
Cadena S para insertar al final de la salida
Bloque de salida Antes de S
cadena para insertar antes de una secuencia establecida en la salida
Fuera Bloqueo Después
Cadena S para insertar después de una secuencia establecida en la salida
Fuera.Sust.
B hacer sustitución variable en Out.Block. *
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