Este es el comando domainresoe que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
domainreso: elimine los dominios de baja resolución de un archivo DCF.
SINOPSIS
dominioreso -cpdbruta lista de direcciones -dcfinfile en archivo -umbral flotar -dcfoutfile archivar
dominioreso -ayuda
DESCRIPCIÓN
dominioreso es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "PROTEIN: 3D STRUCTURE".
OPCIONES
Entrada .
-cpdbruta lista de direcciones
Esta opción especifica la ubicación del archivo CCF de dominio (archivos de coordenadas limpias)
(aporte). Un 'archivo ordenado limpio' contiene coordenadas y otros datos para una sola PDB
archivo o un solo dominio de SCOP o CATH, en formato CCF (tipo EMBL). Los archivos,
generado mediante el uso de PDBPARSE (archivos pdb) o DOMAINER (dominios), contiene 'limpiado'
datos que son autoconsistentes y con corrección de errores. Registros de solvente residual
la accesibilidad y la estructura secundaria se agregan al archivo mediante PDBPLUS. Defecto
valor: ./
-dcfinfile en archivo
Esta opción especifica el nombre del archivo DCF (archivo de clasificación de dominio) (entrada). A
'archivo de clasificación de dominio' contiene la clasificación y otros datos para dominios de
SCOP o CATH, en formato DCF (tipo EMBL). Los archivos se generan utilizando SCOPPARSE
y CATHPARSE. La información de secuencia de dominio se puede agregar al archivo usando
DOMINIO SEQS.
Requerido .
-umbral flotar
Esta opción especifica el umbral de inclusión (Angstroms). Dominios que exceden el
el umbral de inclusión (Angstroms) no se dará en el archivo de salida. Defecto
valor: 2.8
Salida .
-dcfoutfile archivar
Esta opción especifica el nombre del archivo DCF (archivo de clasificación de dominio) (salida). A
'archivo de clasificación de dominio' contiene la clasificación y otros datos para dominios de
SCOP o CATH, en formato DCF (tipo EMBL). Los archivos se generan utilizando SCOPPARSE
y CATHPARSE. La información de secuencia de dominio se puede agregar al archivo usando
DOMAINSEQS. Valor predeterminado: test.scop
Utilice domainresoe en línea utilizando los servicios de onworks.net
