Este es el comando fastaq que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastaq: herramientas de manipulación de archivos FASTA y FASTQ
SINOPSIS
rápido [opciones]
DESCRIPCIÓN0nf
Para obtener un uso mínimo de un comando, use: comando fastaq
Para obtener ayuda completa para un comando, use uno de los siguientes: comando fastaq -h comando fastaq --ayuda
Comandos disponibles:
add_indels Elimina o inserta bases en posiciones determinadas caf_to_fastq
Convierte un archivo CAF a formato FASTQ capillary_to_pairs Convierte el archivo de capilar
lee a archivos emparejados y no emparejados chunker Divide las secuencias en partes iguales
trozos de tamaño count_sequences Cuenta las secuencias en el archivo de entrada desentrelazado
Divide el archivo emparejado intercalado en dos archivos separados enumerate_names Renombra
secuencias en un archivo, llamándolas 1,2,3 ... etc expand_nucleotides Hace que cada
combinación de nucleótidos degenerados fasta_to_fastq Convertir FASTA y .qual en
Filtro FASTQ Filtra las secuencias para obtener un subconjunto de ellas get_ids
Obtiene el ID de cada secuencia get_seq_flanking_gaps Obtiene las secuencias que flanquean los huecos
intercalar Intercala dos archivos, la salida alterna entre lecturas de avance / retroceso
make_random_contigs Hacer contigs de fusión de secuencia aleatoria Convierte
archivo de varias secuencias a una sola secuencia replace_bases Reemplaza todas las apariciones
de una letra con otra reverse_complement Complemento inverso de todas las secuencias
scaffolds_to_contigs Crea un archivo de contigs a partir de un archivo de scaffolds search_for_seq
Encuentra todas las coincidencias exactas con una cadena (y su complemento inverso) sequence_trim
Recorte las coincidencias exactas de una cadena determinada al comienzo de cada secuencia sort_by_size
Ordena las secuencias en orden de longitud split_by_base_count Dividir el archivo de múltiples secuencias en
archivos separados strip_illumina_suffix Strips /1 or /2 al final de cada nombre leído
to_boulderio Convierte al formato Boulder-IO, utilizado por primer3 to_fake_qual
Haga un archivo de puntajes de calidad falso to_fasta Convierte una variedad de formatos de entrada
a formato FASTA muy bien formateado to_mira_xml Cree un archivo xml a partir de un archivo de
lee, para usar con el ensamblador Mira to_orfs_gff Escribe un archivo GFF de open
marcos de lectura to_perfect_reads Realiza lecturas emparejadas perfectas a partir de la referencia
to_random_subset Crea una muestra aleatoria de secuencias (y opcionalmente también empareja)
to_tiling_bam Crea un archivo BAM de lecturas distribuidas uniformemente en la entrada
reference to_unique_by_id Elimina secuencias duplicadas, según sus nombres. Guardar
las secuencias más largas traducen Traducir todas las secuencias en las secuencias de nucleótidos de entrada
trim_Ns_at_end Recorta todos los N al inicio / final de todas las secuencias trim_contigs
Recorta un número determinado de bases del final de cada contig trim_ends Recorte fijo
número de bases de inicio y / o final de cada versión de secuencia Versión impresa
número y salida
Utilice fastaq en línea utilizando los servicios de onworks.net
