Este es el comando fastq-multx que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastq-multx - ea-utils: reemplace% con la identificación del código de barras en el archivo de códigos de barras
SINOPSIS
fastq-multx [-g | -l | -B] -o r1.%. fq [compañero.fq -o r2.%. fq]
DESCRIPCIÓN
fastq-multx: opción inválida -- 'h' Opción desconocida `-h '.
Version: 1.02.684
Los archivos de salida deben contener un signo '%' que se reemplaza con la identificación del código de barras en los códigos de barras
expediente. El archivo de salida puede ser n / a para descartar los datos correspondientes (use esto para el código de barras
leer)
Archivo de códigos de barras (-B) Se ve como esto:
...
El valor predeterminado es adivinar el -bol or -eol basado en estadísticas claras.
If -g se utiliza, entonces su parámetro es un carril de índice, y las secuencias que ocurren con frecuencia son
usado.
If -l se usa, luego se prueban todos los códigos de barras en el archivo, y el * grupo * con la * mayoría *
se eligen los partidos.
Archivo de códigos de barras agrupados (-l or -L) Se ve como esto:
...
Las lecturas acopladas, si se suministran, se mantienen sincronizadas
OPCIONES
-o FIL1 Archivos de salida (uno por entrada, obligatorio) -g SEQFIL Determine los códigos de barras de
SEQFIL de lectura indexada -l BCFIL Determina códigos de barras a partir de cualquier lectura, utilizando BCFIL como maestro
lista -L BCFIL Determinar códigos de barras de , usando BCFIL como lista maestra -B BCFIL
Utilice códigos de barras del archivo especificado, no ejecute un paso de determinación -b FORCE
principio de línea (5 ') para la coincidencia de códigos de barras -e Forzar final de línea (3 ') para batcode
pareo -t NUM Divide el umbral para determinar automáticamente por el factor NUM (1),> 1 = más
sensible -G NAME Usar grupos que coincidan solo con NAME -x No recorte los códigos de barras
antes de escribir el destino -n No ejecute, solo imprima la lista de códigos de barras probables
-v C Verifique que la identificación emparejada coincida con el carácter C (use '' para illumina) -m N
Permitir hasta N discrepancias, siempre que sean únicas (1) -d N Requiere un mínimo
distancia de N entre el mejor y el siguiente mejor (2) -q N Requiere un phred mínimo
calidad de N para aceptar una base de código de barras (0)
Use fastq-multx en línea usando los servicios de onworks.net
