Este es el comando fastqc que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
FastQC: herramienta de análisis de control de calidad de secuencia de alto rendimiento
SINOPSIS
fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN
fastqc [-o directorio de salida] [- (no) extraer] [-f fastq | bam | sam]
[-c archivo contaminante] seqfile1 .. seqfileN
DESCRIPCIÓN
FastQC lee un conjunto de archivos de secuencia y produce a partir de cada uno un control de calidad
informe que consta de varios módulos diferentes, cada uno de los cuales ayudará a
Identifique un tipo de problema potencial diferente en sus datos.
Si no se especifican archivos para procesar en la línea de comando, el programa
comience como una aplicación gráfica interactiva. Si los archivos se proporcionan en el
línea de comandos, el programa se ejecutará sin necesidad de interacción del usuario. En esto
modo es adecuado para su inclusión en una tubería de análisis estandarizada.
Las opciones para el programa son las siguientes:
-h --ayuda
Imprima este archivo de ayuda y salga
-v --versión
Imprime la versión del programa y sal
-o --outdir
Cree todos los archivos de salida en el directorio de salida especificado. Tenga en cuenta que esto
El directorio debe existir ya que el programa no lo creará. Si esta opción no está configurada
entonces el archivo de salida para cada archivo de secuencia se crea en el mismo directorio que el
archivo de secuencia que se procesó.
--yuca
Los archivos provienen de la salida de casava sin procesar. Archivos del mismo grupo de muestra (solo que difieren
por el número de grupo) se analizarán como un conjunto en lugar de individualmente. Secuencias
con la bandera de filtro establecida en el encabezado se excluirá del análisis. Archivos
deben tener los mismos nombres dados por casava (incluyendo gzip y
terminando en .gz) de lo contrario no se agruparán correctamente.
--extraer
Si se establece, el archivo de salida comprimido se descomprimirá en el mismo directorio después de
ha sido creado. De forma predeterminada, esta opción se establecerá si fastqc se ejecuta en
modo no interactivo.
-j --Java
Proporciona la ruta completa al binario de Java que desea utilizar para iniciar fastqc. Que no
suministrado, se supone que Java está en su camino.
--noextracto
No descomprima el archivo de salida después de crearlo. Debe configurar esta opción si
no desea descomprimir la salida cuando se ejecuta en modo no interactivo.
--nogrupo
Desactive la agrupación de bases para lecturas> 50 pb. Todos los informes mostrarán datos para cada
base en la lectura. ADVERTENCIA: El uso de esta opción hará que fastqc se bloquee y se queme
si lo usa en lecturas muy largas, y sus parcelas pueden terminar en un tamaño ridículo.
¡Usted ha sido advertido!
-f --formato
Omite la detección de formato de archivo de secuencia normal y obliga al programa a utilizar
el formato especificado. Los formatos válidos son bam, sam, bam_mapped, sam_mapped y fastq
-t --hilos
Especifica el número de archivos que se pueden procesar simultáneamente. Cada hilo
se le asignarán 250 MB de memoria, por lo que no debería ejecutar más subprocesos que los
la memoria disponible soportará, y no más de 6 subprocesos en una máquina de 32 bits
-c Especifica un archivo no predeterminado que contiene la lista de
- contaminantes
contaminantes contra los cuales cribar secuencias sobrerrepresentadas. El archivo debe contener
conjuntos de contaminantes nombrados en la secuencia del nombre [tabulación] del formulario. Líneas prefijadas con un
se ignorará el hash.
-k --kmers
Especifica la longitud de Kmer a buscar en el módulo de contenido de Kmer. Kmer especificado
la longitud debe estar entre 2 y 10. La longitud predeterminada es 5 si no se especifica.
-q --tranquilo
Suprima todos los mensajes de progreso en stdout y solo informe de errores.
Utilice fastqc en línea utilizando los servicios de onworks.net
