Este es el comando fasttreeMP que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fasttreeMP: crea árboles filogenéticos a partir de alineaciones de secuencias de nucleótidos o proteínas
(versión openMP)
DESCRIPCIÓN
fasttreeMP infiere árboles filogenéticos de probabilidad máxima aproximada a partir de alineaciones de
secuencias de nucleótidos o proteínas. Maneja alineaciones con hasta un millón de secuencias
en una cantidad de tiempo y memoria razonables.
fasttreeMP es más preciso que PhyML 3 con la configuración predeterminada y mucho más preciso
que los métodos de matriz de distancia que se utilizan tradicionalmente para grandes alineaciones.
fasttreeMP utiliza Jukes-Cantor o modelos generalizados de nucleótidos reversibles en el tiempo (GTR)
evolución y el modelo JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) de evolución de aminoácidos. Para
tener en cuenta las diferentes tasas de evolución entre los sitios, fasttreeMP utiliza una única tasa para
cada sitio (la aproximación "CAT"). Para estimar rápidamente la confiabilidad de cada división en
el árbol, fasttreeMP calcula los valores de soporte local con la prueba Shimodaira-Hasegawa
(Estos son los mismos que los "soportes locales tipo SH" de PhyML 3).
SINOPSIS
fasttreeMP proteína_alineación > tree
fasttreeMP -Nuevo Testamento alineación_nucleótidos> árbol
fasttreeMP -Nuevo Testamento -gtr <nucleotide_alignment> árbol
fasttreeMP acepta alineaciones en formatos intercalados fasta o phylip
Algunos opciones (debe be antes los alineación archivo):
-tranquilo para suprimir la información de informes
-no hay problema para suprimir el indicador de progreso
-Iniciar sesión archivo de registro -- guardar árboles intermedios, configuraciones y detalles del modelo
-lo más rápido -- acelerar la fase de unión de vecinos y reducir el uso de memoria
(recomendado para> 50,000 secuencias)
-n para analizar múltiples alineaciones (solo formato phylip)
(uso para bootstrap global, con seqboot y CompareToBootstrap.pl)
-sin soporte no calcular los valores de soporte
-entrada newick_file para establecer los árboles iniciales
-entrada1 newick_file para usar este árbol de inicio para todas las alineaciones
(para un arranque global más rápido en alineaciones enormes)
-seudo para usar pseudocontos (recomendado para secuencias muy espaciadas)
-gtr -- modelo generalizado reversible en el tiempo (solo alineaciones de nucleótidos)
-meneo -- Modelo de Whelan-And-Goldman 2001 (solo alineaciones de aminoácidos)
-cita -- permitir espacios y otros caracteres restringidos (pero no 'caracteres) en
nombres de secuencia y nombres de citas en el árbol de salida (solo entrada fasta; fasttreeMP
no podrá volver a leer estos árboles en
-noml para desactivar la máxima probabilidad
-nombre para desactivar los NNI y SPR de evolución mínima
(recomendado si se ejecutan ML NNI adicionales con -entrada)
-nombre -millen con -entrada para optimizar las longitudes de las ramas para una topología fija
-gato # para especificar el número de categorías de tarifas de sitios (predeterminado 20)
or -nocat utilizar tasas constantes
-gama -- después de optimizar el árbol bajo la aproximación CAT,
cambiar la escala de las longitudes para optimizar la probabilidad de Gamma20
-restricciones restricción Alineación para restringir la búsqueda de topología
La alineación de la restricción debe tener unos o ceros para indicar divisiones.
-experto -- ver más opciones
Hay una personal for fasttreeMP 2.1.4 ESS3:
fasttreeMP [-nt] [-n 100] [-cita] [-pseudo | -seudo 1.0]
[-arranque 1000 | -sin soporte] [-intree archivo_de_árboles_inicio | -entrada1
archivo_árbol_inicial] [-quiet | -no hay problema] [-nni 10] [-spr 2] [-noml | -millen | -mlnni
10] [-mlacc 2] [-cat 20 | -nocat] [-gamma] [-lento | -lo más rápido] [-2º | -no2do]
[-slownni] [-semilla 1253] [-top | -sin tapa] [-topm 1.0 [-cerrar 0.75] [-actualizar 0.8]]
[-matriz de matriz | -nomatriz] [-nj | -bionj] [-wag] [-nt] [-gtr] [-gtrrates ac ag en
cg ct gt] [-gtrfreq ACGT] [ -restricciones restricciónAlineación [ -restricción de peso
100.0]] [-log archivo de registro]
[archivo_alineamiento]
> newick_tree
or
fasttreeMP [-nt] [-matrix Matriz | -nomatriz] [-primario] -matriz [alineación]
[-n 100]> phylip_distance_matrix
fasttreeMP admite alineaciones entrelazadas fasta o phylip De forma predeterminada, fasttreeMP
espera alineaciones de proteínas, use -Nuevo Testamento para nucleótidos fasttreeMP lee estándar
entrada si no se proporciona un archivo de alineación
De entrada y salida opciones:
-n -- leer en varias alineaciones. Esto solo
trabaja con formato phylip intercalado. Por ejemplo, puede usarlo con la salida
de seqboot de phylip. Si utiliza -n, fasttreeMP escribirá 1 árbol por línea para
salida estándar.
-entrada archivo nuevoick -- leer el árbol de inicio desde newickfile.
Se ignoran las longitudes de las ramas de los árboles iniciales.
-entrada con -n leerá un árbol inicial separado para cada alineación.
-entrada1 archivo nuevoick -- leer el mismo árbol inicial para cada alineación
-tranquilo -- no escriba en error estándar durante el funcionamiento normal (no hay progreso
indicador, resumen sin opciones, valores de no verosimilitud, etc.)
-no hay problema -- no escriba el indicador de progreso en stderr
-Iniciar sesión archivo de registro -- guardar árboles intermedios para que pueda extraer
los árboles y reiniciar trabajos de larga duración si fallan -Iniciar sesión también informa el
tarifas por sitio (1 significa la categoría más lenta)
-cita -- citar nombres de secuencia en la salida y permitir espacios, comas,
paréntesis y dos puntos en ellos, pero no 'caracteres (solo archivos fasta)
Distancias:
Predeterminado: para secuencias de proteínas, distancias corregidas logarítmicamente y un
matriz de disimilitud de aminoácidos derivada de BLOSUM45
o para secuencias de nucleótidos, distancias Jukes-Cantor Para especificar una matriz diferente,
use -matriz FilePrefix o -nomatriz Usa -rawdist para desactivar la corrección logarítmica o
para usar% diferente en lugar de Jukes-Cantor
-seudo [peso] -- Utilice pseudocuentas para estimar distancias entre
secuencias con poca o ninguna superposición. (Desactivado de forma predeterminada). Recomendado si se analiza el
la alineación tiene secuencias con poca o ninguna superposición. Si no se especifica el peso,
es 1.0
topología refinamiento:
De forma predeterminada, fasttreeMP intenta mejorar el árbol con hasta 4 * log2 (N) rondas de
intercambios de vecino más cercano de evolución mínima (NNI), donde N es el número de
secuencias únicas, 2 rondas de movimientos de subárbol-poda-injerto (SPR) (también min. evo.),
y hasta 2 * rondas log (N) de NNI de máxima verosimilitud. Usar -nni para establecer el número
de rondas de min. evo. NNI, y -spr para establecer las rondas de SPR. Usar -noml girar
tanto los NNI como los SPR min-evo (útil si se refina
aproximadamente un árbol de máxima verosimilitud con más NNI)
Usa -prongitud establecer la longitud máxima de un movimiento SPR (predeterminado 10) Usar -mlnni para establecer
el número de rondas de uso de NNI de máxima verosimilitud -mlacc 2 o -mlacc 3 para siempre
optimizar las 5 ramas en cada NNI,
y optimizar las 5 ramas en 2 o 3 rondas
Usa -millen para optimizar las longitudes de las ramas sin ML NNI Utilice -millen -nombre con -entrada
para optimizar las longitudes de las ramas en una topología fija Uso -lento para desactivar la heurística
para evitar subárboles constantes (afecta tanto
ML y ME NNI)
Máxima probabilidad modelo opciones:
-meneo -- Modelo Whelan-And-Goldman 2001 en lugar del modelo (predeterminado) Jones-Taylor-Thorton 1992
(aa solamente)
-gtr -- generalizado reversible en el tiempo en lugar de (predeterminado) Jukes-Cantor (solo nt)
-gato # -- especificar el número de categorías de tarifas de sitios (por defecto 20)
-nocat -- sin modelo CAT (solo 1 categoría)
-gama -- después de la ronda final de optimización de la longitud de las ramas con el modelo CAT,
reportar la probabilidad bajo el modelo de gamma discreto con el mismo número de
categorías. fasttreeMP utiliza las mismas longitudes de rama pero optimiza la forma gamma
parámetro y la escala de las longitudes. El árbol final tendrá longitudes reescaladas.
Usado con -Iniciar sesión, esto también genera probabilidades por sitio para su uso con CONSEL, consulte
GammaLogToPaup.pl y documentación en el sitio web fasttreeMP.
Soporte propuesta de opciones:
De forma predeterminada, fasttreeMP calcula los valores de soporte local volviendo a muestrear el sitio
probabilidades 1,000 veces y la prueba de Shimodaira Hasegawa. Si especifica -nombre, Se
calculará los soportes de arranque de evolución mínima en su lugar En cualquier caso, el
Los valores de soporte son proporciones que van de 0 a 1.
Usa -sin soporte para desactivar los valores de soporte o -bota 100 para usar solo 100 remuestreos
Usa -semilla para inicializar el generador de números aleatorios
Búsqueda for los el mejor unirse:
De forma predeterminada, fasttreeMP combina el 'conjunto visible' de unión rápida de vecinos con
escalada local como en una relajada unión de vecinos
-lento -- búsqueda exhaustiva (como NJ o BIONJ, pero diferente manejo de espacios)
-lento toma media hora en lugar de 8 segundos para 1,250 proteínas
-lo más rápido -- buscar el conjunto visible (el éxito superior para cada nodo) solamente
A diferencia de la unión rápida de vecinos original, -lo más rápido actualizaciones visibles (C) después
unir A y B si unir (AB, C) es mejor que unir (C, visible (C)) -lo más rápido also
actualiza las distancias de una manera muy perezosa, -lo más rápido conjuntos -2º encendido también, use
-lo más rápido -no 2 para evitar esto
Éxito principal heurísticas:
De forma predeterminada, fasttreeMP utiliza una lista de resultados principales para acelerar la búsqueda. -sin tapa (o -lento)
para desactivar esta función
y comparar todas las hojas entre sí, y todos los nuevos nodos unidos entre sí
-superior 1.0 -- establezca el tamaño de la lista de resultados principales en el parámetro * sqrt (N)
fasttreeMP estima los primeros m aciertos de una hoja a partir de los primeros 2 * m aciertos de un 'cierre'
vecino, donde cerrar se define como d (semilla, cierre) <0.75 * d (semilla, golpe de rango
2 * m) y actualiza los top-hits a medida que avanzan las uniones
-cerca 0.75 -- modificar la heurística cercana, menor es más conservador
-actualizar 0.8 -- comparar un nodo unido con todos los demás nodos si su
lista de top-hit es menos del 80% de la longitud deseada, o si la edad del top-hit
la lista es log2(m) o mayor
-2º or -no 2 para activar o desactivar la heurística de los mejores éxitos de segundo nivel
Esto reduce el uso de memoria y el tiempo de ejecución, pero puede conducir a reducciones marginales en
calidad del árbol. (Por defecto, -lo más rápido se enciende -2º.)
Únase opciones:
-Nueva Jersey: unión de vecinos regular (no ponderada) (predeterminado)
-bionj: combinaciones ponderadas como en BIONJ
fasttreeMP también ponderará las uniones durante los NNI
Constreñido topología Buscar opciones:
-restricciones archivo de alineación -- una alineación con valores de 0, 1 y -
No es necesario que estén presentes todas las secuencias. Una columna de 0 y 1 define una restricción
separar. Es posible que se infrinjan algunas restricciones (consulte 'infringir restricciones:' en
error).
-restricción de peso -- con qué fuerza ponderar las limitaciones. Un valor de 1
significa una penalización de 1 en la longitud del árbol por violar una restricción Predeterminado: 100.0
Para más información, consulte la http://www.microbesonline.org/fasttree/
o los comentarios en el código fuente
fasttreeMP protein_alignment> árbol fasttreeMP -Nuevo Testamento alineación_nucleótidos> árbol
fasttreeMP -Nuevo Testamento -gtr <nucleotide_alignment> árbol
fasttreeMP acepta alineaciones en formatos intercalados fasta o phylip
Algunos opciones (debe be antes los alineación archivo):
-tranquilo para suprimir la información de informes
-no hay problema para suprimir el indicador de progreso
-Iniciar sesión archivo de registro -- guardar árboles intermedios, configuraciones y detalles del modelo
-lo más rápido -- acelerar la fase de unión de vecinos y reducir el uso de memoria
(recomendado para> 50,000 secuencias)
-n para analizar múltiples alineaciones (solo formato phylip)
(uso para bootstrap global, con seqboot y CompareToBootstrap.pl)
-sin soporte no calcular los valores de soporte
-entrada newick_file para establecer los árboles iniciales
-entrada1 newick_file para usar este árbol de inicio para todas las alineaciones
(para un arranque global más rápido en alineaciones enormes)
-seudo para usar pseudocontos (recomendado para secuencias muy espaciadas)
-gtr -- modelo generalizado reversible en el tiempo (solo alineaciones de nucleótidos)
-meneo -- Modelo de Whelan-And-Goldman 2001 (solo alineaciones de aminoácidos)
-cita -- permitir espacios y otros caracteres restringidos (pero no 'caracteres) en
nombres de secuencia y nombres de citas en el árbol de salida (solo entrada fasta; fasttreeMP
no podrá volver a leer estos árboles en
-noml para desactivar la máxima probabilidad
-nombre para desactivar los NNI y SPR de evolución mínima
(recomendado si se ejecutan ML NNI adicionales con -entrada)
-nombre -millen con -entrada para optimizar las longitudes de las ramas para una topología fija
-gato # para especificar el número de categorías de tarifas de sitios (predeterminado 20)
or -nocat utilizar tasas constantes
-gama -- después de optimizar el árbol bajo la aproximación CAT,
cambiar la escala de las longitudes para optimizar la probabilidad de Gamma20
-restricciones restricción Alineación para restringir la búsqueda de topología
La alineación de la restricción debe tener unos o ceros para indicar divisiones.
-experto -- ver más opciones
Para más información, consulte la http://www.microbesonline.org/fasttree/
Utilice fasttreeMP en línea utilizando los servicios de onworks.net
