Este es el comando fastx_quality_stats que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastx_quality_stats - Estadísticas de FASTX
DESCRIPCIÓN
uso: fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Parte de FASTX Toolkit 0.0.14
por A. Gordon ([email protected])
[-h] = Esta útil pantalla de ayuda. [-i INFILE] = archivo de entrada FASTQ. por defecto es
STDIN. [-o OUTFILE] = Archivo de salida de TEXTO. el predeterminado es STDOUT. [-N] = Nuevo
formato de salida (con más información por nucleótido / ciclo).
El *VIEJO* salida TEXTO presentar will have los siguiendo campos (uno fila per columna):
columna = número de columna (1 a 36 para un archivo solexa de lectura de 36 ciclos)
count = número de bases encontradas en esta columna.
min = Valor de puntuación de calidad más bajo encontrado en esta columna.
max = Valor de puntuación de calidad más alto encontrado en esta columna.
sum = Suma de los valores de puntuación de calidad para esta columna.
mean = Valor medio del puntaje de calidad para esta columna.
Q1 = puntuación de calidad del primer cuartil.
med = Puntuación de calidad media.
Q3 = puntuación de calidad del tercer cuartil.
IQR = rango intercuartil (Q3-Q1).
lW = valor de 'bigote izquierdo' (para el diagrama de caja).
rW = valor de 'Bigote derecho' (para el diagrama de caja).
A_Count = Recuento de nucleótidos 'A' encontrados en esta columna. C_Count = Cuenta de 'C'
nucleótidos encontrados en esta columna. G_Count = Recuento de nucleótidos 'G' encontrados en este
columna. T_Count = Recuento de nucleótidos 'T' encontrados en esta columna. N_Count = Recuento
de nucleótidos 'N' encontrados en esta columna. recuento máximo = máx. número de bases (en total
ciclos)
El *NUEVO* salida formato:
ciclo (anteriormente llamado 'columna') = número de ciclo recuento máximo Para cada nucleótido en
el ciclo (ALL / A / C / G / T / N):
count = número de bases encontradas en esta columna.
min = Valor de puntuación de calidad más bajo encontrado en esta columna.
max = Valor de puntuación de calidad más alto encontrado en esta columna.
sum = Suma de los valores de puntuación de calidad para esta columna.
mean = Valor medio del puntaje de calidad para esta columna.
Q1 = puntuación de calidad del primer cuartil.
med = Puntuación de calidad media.
Q3 = puntuación de calidad del tercer cuartil.
IQR = rango intercuartil (Q3-Q1).
lW = valor de 'bigote izquierdo' (para el diagrama de caja).
rW = valor de 'Bigote derecho' (para el diagrama de caja).
Utilice fastx_quality_stats en línea utilizando los servicios de onworks.net
