FCluster: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

AmpliconNoise: elimina el ruido de los datos de secuencia de nucleótidos de alto rendimiento

VERSION

Esta documentación hace referencia a la versión 1.22

SINOPSIS

See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz para obtener detalles sobre cómo ejecutar.

DESCRIPCIÓN

Se incluyen las siguientes herramientas. La mayoría de ellos tienen un MPI equivalente, por ejemplo
SeqNoise tiene un SeqNoiseM equivalente que se puede utilizar con mpirun.

FastaÚnico - desreplica el archivo fasta
-en el nombre del archivo de entrada de cadena
Opciones:

FClúster
-en el nombre del archivo de entrada de distancia de cadena
-salida del archivo de salida de cadena de código auxiliar
Opciones:
-r resolución
-un vínculo medio
-w usamos pesas
-i leer identificadores
-s escala dist.

NDist - Matriz de distancia de secuencia de Needleman-Wunsch por pares de un archivo fasta
-in nombre de archivo fata de cadena
Opciones:
-i identificadores de salida

Perseo - mata monstruos
-sin string seq nombre de archivo
Opciones:
-tin archivo de secuencia de referencia de cadena
-a alineaciones de salida
-d uso desequilibrio
-rin nombre de archivo de búsqueda de cadena

Pirodistancia - matriz de distancias por pares de los diagramas de flujo
-en el nombre del archivo de flujo de cadena
-out stub out stub de archivo
Opciones:
-ni sin índice en el archivo dat
-rin nombre de archivo de búsqueda de cadena

piroruido - organigramas de agrupaciones sin alineaciones
-din nombre de archivo de flujo de cadena
-out string nombre del archivo de entrada del clúster
-lin archivo de lista de cadenas
Opciones:
-v detallado
-c doble corte inicial
-ni sin índice en el archivo dat
-s doble precisión
-rin nombre de archivo de búsqueda de archivo

DistSeq - matriz de distancias por pares de un archivo fasta
-en cadena de nombre de archivo fasta
Opciones:
-i identificadores de salida
-rin nombre de archivo de búsqueda de cadena

SeqRuido - secuencias de grupos
-in nombre de archivo de secuencia de cadena
-din nombre de archivo de matriz de distancia de cadena
-out string nombre del archivo de entrada del clúster
-lin archivo de lista de cadenas
Opciones:
-min archivo de mapeo
-v detallado
-c doble corte inicial
-s doble precisión
-rin nombre de archivo de búsqueda de cadena

SplitClusterIncluso
-din cadena dat nombre de archivo
-min nombre de archivo del mapa de cadenas
-tin nombre de archivo de árbol de cadena
-s tamaño dividido
-m tamaño mínimo

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