Este es el comando gap4 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gap4 - Programa de ensamblaje del genoma (parte del paquete staden)
SINOPSIS
gap4 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-saltar_notas] [BASE_DATOS_NOMBRE.V]
DESCRIPCIÓN
Gap4 es un programa de ensamblaje del genoma. El programa contiene todas las herramientas que serían
esperado de un programa de ensamblaje, además de muchas características únicas y un uso muy fácil
interfaz. La versión original se describió en Bonfield, JK, Smith, KF y Staden, R. A
nuevo programa de ensamblaje de secuencias de ADN. Ácidos nucleicos Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap4 es muy grande y poderoso. Todo el mundo emplea un subconjunto de opciones y tiene su
forma favorita de acceder a ellos y utilizarlos. Aunque hay mucho, los usuarios están
Se anima a revisar toda la documentación una vez, solo para descubrir qué es
posible, y de la forma que mejor se adapte a su propio trabajo. Por lo menos, todo esto
Debe leerse el capítulo introductorio, ya que a la larga ahorrará tiempo.
OPCIONES
-ro Sólo lectura
-maxseq N
Longitud de consenso total máxima inicial
-maxdb N
Número máximo inicial de contigs + lecturas
-(sin verificación
(No) ejecute Comprobar base de datos al abrir la base de datos
- (no_) exec_notes
(No) ejecutar notas OPEN / CLOS al abrir la base de datos
- (no_) rawdata_note
(No) utilice RAWD note en lugar de RAWDATA env. variable
- (no_) csel
(No) inicie el selector de contig al abrir db
-monitor
X Pantalla para usar
-tamaño de bits N
Especifica el tamaño de bits del archivo auxiliar para nuevas bases de datos (32/64)
-sincronizar Utilice el modo síncrono para el servidor de visualización (depuración)
-- Fin de la lista de argumentos
Use gap4 en línea usando los servicios de onworks.net
