Este es el comando ajo que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ajo - programa de visualización molecular
SINOPSIS
Ajo [su verdadero Ajo: opciones] [X11 opciones] [nombre de archivo]
DESCRIPCIÓN
Esta página de manual documenta brevemente Ajo, un programa gratuito de visualización molecular.
Se puede encontrar una amplia documentación en formato HTML y fuentes en ajo home,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Ubicación física: Facultad de Medicina, Universidad
de Osijek, Croacia, Europa. Paquetes precompilados para varias distribuciones GNU / Linux
están disponibles. Estos incluyen Debian, SuSE, Mandriva, Linspire y varios otros
distribuciones. La documentación HTML se puede descargar y desempaquetar para uso local (recomendado
uso). Aquí puede encontrar una descripción muy breve del programa y la lista de comandos
opciones de línea.
Ajo es un programa de visualización molecular originalmente escrito para la investigación de
proteínas de membrana. Ahora se puede utilizar para visualizar y editar de forma sencilla todas las proteínas y
moléculas. Esta versión reconoce la versión 2.1 del formato PDB; ver el archivo fuente pdb_atom.c
para obtener detalles sobre este formato.
OPCIONES
Las opciones de la línea de comandos se pueden dividir en dos grupos: su verdadero (específico) Ajo opciones y X11
opciones. Las opciones se pueden dar en cualquier orden. Todas las opciones y valores predeterminados codificados
enumerados en la tabla siguiente. Para cada parámetro, el valor definido a través de la línea de comando es
utilizado, si está disponible. Si no, el valor definido en .ajorc se utiliza el archivo. Si .ajorc
archivo no está disponible, o no hay una entrada correspondiente en este archivo, el código
se utiliza el valor predeterminado. La muestra .ajorc El archivo incluido en el paquete original contiene
los valores equivalen a los valores predeterminados codificados de forma rígida.
Ajo opciones:
-h, --ayuda
Imprimir ayuda y salir.
-v, --versión
Imprime la versión y sal.
-r, --Registrarse
Registro de ajo: informe al autor que su sitio tiene ajo instalado y que alguien
va a utilizar este programa. Al registrarse, está animando al autor a
Continuar el desarrollo del ajo. También puede ayudar al autor a garantizar el soporte para
mayor desarrollo. Esta opción envía un mensaje de correo electrónico corto, que contiene solo
el encabezado del mensaje de correo electrónico y la palabra "¡Hola!", para[email protected]>. Por favor
ejecute ajo -r si va a utilizar este programa. Si no está conectado a
Internet, considere enviar un mensaje corto desde algún otro sistema.
-nosys Oculte el icono del sistema de coordenadas (esquina superior izquierda).
-sin control
Ocultar la ventana de control (esquina superior derecha).
-estéreo
Mostrar imagen estéreo.
-losa modo
Modo de losa por defecto. Los modos de losa disponibles son: desactivado, plano (predeterminado), esfera,
media esfera, cilindro y medio cilindro.
-desvanecimiento modo
Modo de desvanecimiento de color predeterminado. Modos disponibles: desactivado, plano (predeterminado), esfera,
media esfera, cilindro y medio cilindro.
-como número
Estilo de dibujo de átomo predeterminado (predeterminado codificado de forma rígida: 2).
-bs número
Estilo de dibujo de enlace predeterminado (predeterminado codificado de forma rígida: 2).
-fs número
Número predeterminado de superficies de decoloración de color. Planos paralelos, esferas concéntricas o
Se pueden utilizar cilindros concéntricos como superficies de desvanecimiento. Tres tripletes RGB son
asignado a cada superficie. Las superficies están espaciadas uniformemente; al menos uno y como máximo
ocho deben definirse. Al menos tres colores (izquierdo, medio y derecho) son
asignado a cada átomo visible. Estos tres colores se basan en la posición de un
átomo dado en relación con la (s) superficie (s) de desvanecimiento más cercana y en los colores asignados a
estas superficies. Los colores se combinan mediante ponderación lineal.
-lc Color
Color de la izquierda en la i-ésima superficie; i está entre cero y siete. La cadena de colores
debe ser compatible con X11R5. El azul, por ejemplo, puede definirse como azul o como
RGB: 0000/0000 / FFFF, etc. Por ejemplo, -lc4 RGB: BBBB / 8888/4444 define el color de la izquierda
en la superficie cuyo índice es igual a cuatro.
-mc Color
Color medio en la i-ésima superficie.
-rc Color
Color correcto en la i-ésima superficie.
-ordenador personal, --imprimir-config
Imprima los datos de configuración y salga.
-pcn Imprima los nombres de los cursores en la salida estándar y salga.
-Iniciar sesión archivo de registro
Escriba comandos y mensajes en el archivo de registro. El archivo se creará en el actual
directorio de trabajo. Si esto no es posible, el archivo de registro se creará en la página de inicio de los usuarios.
directorio.
X11 opción:
-monitor nombre para mostrar
Servidor X para contactar.
-geometría geom
Geometría de la ventana (por defecto: casi toda la pantalla).
-bg Color
Color de fondo de la ventana principal (el predeterminado es negro).
-fg Color
Color de primer plano de la ventana principal (predeterminado: blanco).
-fn nombre de la fuente
Tipografía del texto; (el valor predeterminado es 10x20).
-tbg Color
Color de fondo del texto (el predeterminado es negro).
-TFG Color
Color del texto (el predeterminado es blanco).
-cursor nombre del cursor
Nombre del cursor; ver /usr/include/X11/cursorfont.h por nombres; elimine el prefijo XC_.
Use ajo en línea usando los servicios de onworks.net
