Este es el comando garniere que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
garnier: predice la estructura secundaria de la proteína utilizando el método GOR
SINOPSIS
adornar -secuencia Seqall -idc entero -archivo de salida reporte
adornar -ayuda
DESCRIPCIÓN
adornar es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Proteína: Estructura 2D".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia Seqall
Avanzada .
-idc entero
En su artículo, GOR menciona que si sabe algo sobre la estructura secundaria
contenido de la proteína que está analizando, puede hacerlo mejor en la predicción. 'idc' es un
indexar en un conjunto de matrices, dharr [] y dsarr [], que proporcionan 'constantes de decisión'
(dch, dcs), que son compensaciones que se aplican a los pesos de la hélice y la hoja
(extender) términos. Entonces, idc = 0 dice que no use las compensaciones de la constante de decisión, e idc = 1 a 6
indica que se deben usar varias combinaciones de compensaciones dch, dcs.
Salida .
-archivo de salida reporte
Utilice garniere en línea utilizando los servicios de onworks.net
