genome-music-Clinical-correlationp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

correlación clínica de la música del genoma: correlacione los rasgos fenotípicos con los genes mutados, o
contra variantes individuales

VERSION

Este documento describe la correlación clínica de la música del genoma versión 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

SINOPSIS

correlación clínica de la música del genoma --bam-list =? - archivo-de-salida =? [--maf-file =?]
[--glm-Clinical-data-file =?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--clinical-correlation-matrix-file =?] [--input-Clinical-correlation-matrix-file =?]
[--genetic-data-type =?] [--numeric-Clinical-data-file =?] [--numerical-data-test-method =?]
[--categorical-Clinical-data-file =?] [--glm-model-file =?]

... correlación clínica musical
--bam-list /ruta/myBamList.tsv
--archivo maf /ruta/myMAF.tsv
--archivo-de-datos-clínicos-numéricos /ruta/myNumericData.tsv
- tipo de datos genéticos 'gen'
--archivo-de-salida / ruta / archivo_de_salida

... correlación clínica musical
--archivo maf /ruta/myMAF.tsv
--bam-list /ruta/myBamList.tsv
--archivo-de-datos-clínicos-numéricos /ruta/myNumericData.tsv
--archivo-de-datos-clínicos-categóricos /ruta/myClassData.tsv
- tipo de datos genéticos 'gen'
--archivo-de-salida / ruta / archivo_de_salida

... correlación clínica musical
--archivo maf /ruta/myMAF.tsv
--bam-list /ruta/myBamList.tsv
--archivo-de-salida / ruta / archivo_de_salida
--glm-archivo-modelo /ruta/model.tsv
--archivo-de-datos-clínicos-glm /path/glm_clinical_data.tsv
--use-maf-en-glm

REQUERIDOS ARGUMENTOS

lista-bam Texto
Lista delimitada por tabuladores de archivos BAM [sample_name, normal_bam, tumor_bam] (ver descripción)

archivo de salida Texto
Resultados de la herramienta de correlación clínica. Tendrá sufijo agregado para el tipo de datos

OPCIONAL ARGUMENTOS

archivo maf Texto
Lista de mutaciones que utilizan la especificación TCGA MAF v2.3

archivo-de-datos-clínicos-glm Texto
Rasgos clínicos, perfiles mutacionales, otros datos clínicos mixtos (Ver DESCRIPCIÓN)

use-maf-en-glm Boolean
Cree una matriz de variantes a partir del archivo MAF como entrada de variantes para el análisis GLM.

Valor predeterminado 'falso' (--nouse-maf-in-glm) si no se especifica

nouse-maf-en-glm Boolean
Hacer use-maf-in-glm 'falso'

omitir sin codificación Boolean
Omitir mutaciones no codificantes del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-sin-codificación Boolean
Hacer que el salto sin codificación sea 'falso'

saltar-silencioso Boolean
Omitir mutaciones silenciosas del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-silencioso Boolean
Hacer que el salto silencioso sea 'falso'

archivo-matriz-de-correlación-clínica Texto
Especificar un archivo para almacenar la matriz de muestra vs gen creada durante los cálculos

archivo-matriz-de-correlación-clínica-de-entrada Texto
En lugar de crear esto a partir del MAF, ingrese la matriz de muestra vs gen para
cálculos

tipo de datos genéticos Texto
Correlacionar los datos clínicos con los datos de nivel de "gen" o "variante"

Valor predeterminado 'gene' si no se especifica

archivo-de-datos-clínicos-numéricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos numéricos (x)

método-de-prueba-de-datos-numéricos Texto
O 'cor' para la correlación de Pearson o 'wilcox' para la prueba de suma de rangos de Wilcoxon para
datos clínicos numéricos

Valor predeterminado 'cor' si no se especifica

archivo-de-datos-clínicos-categóricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos categóricos (x)

archivo-modelo-glm Texto
Archivo que describe el tipo de modelo, variable de respuesta, covariantes, etc. para el GLM
análisis. (Ver la descripción)

DESCRIPCIÓN

Este comando relaciona rasgos clínicos y datos mutacionales. Cualquiera puede realizar
análisis de correlación entre mutaciones registradas en un MAF y el fenotípico particular
rasgos registrados en archivos de datos clínicos para las mismas muestras, o se puede ejecutar un
Análisis de modelo lineal (GLM) sobre los mismos tipos de datos.

Los archivos de datos clínicos para la correlación deben estar separados entre numéricos y categóricos
datos y debe seguir estas convenciones:

· Los encabezados son obligatorios

· Cada archivo debe incluir al menos 1 columna sample_id y 1 columna de atributo, con el
el formato es [sample_id Clinical_data_attribute_1 Clinical_data_attribute_2 ...]

· La identificación de la muestra debe coincidir con la identificación de la muestra que figura en el MAF en "Tumor_Sample_Barcode"
para relacionar las mutaciones de esta muestra.

Tenga en cuenta la importancia de los encabezados: el encabezado de cada atributo_datos_clínicos
aparecen en el archivo de salida para indicar relaciones con los datos de mutación del MAF.

Internamente, los datos de entrada se introducen en un script R que calcula un valor P que representa
la probabilidad de que la correlación observada entre las mutaciones en cada gen (o variante)
y cada rasgo del fenotipo es aleatorio. Los valores P más bajos indican una menor aleatoriedad o probabilidad
correlaciones verdaderas.

Los resultados se guardan en el nombre de archivo de salida proporcionado con un sufijo agregado; ".numeric.csv"
se adjuntará a los resultados derivados de datos clínicos numéricos y ".categorical.csv"
se adjuntará a los resultados derivados de datos clínicos categóricos. Además, ".glm.csv"
se agregará al nombre del archivo de salida para los resultados de GLM.

El análisis GLM acepta un archivo mixto de datos clínicos numéricos y categóricos, ingresados ​​usando el
parámetro --glm-Clinical-Data-file. Los datos clínicos de GLM deben adherirse a los formatos descritos
arriba para los archivos de datos clínicos de correlación. GLM también requiere que el usuario ingrese un
- archivo-modelo-glm. Este archivo requiere encabezados específicos y define el análisis para ser
realizado con bastante exactitud. Aquí están las convenciones requeridas para este archivo:

· Las columnas deben ordenarse como tales:

· [Tipo_análisis variante de nombre_tramento_datos_clínicos / nota de covariables de nombre_gen]

· La columna 'tipo_análisis' debe contener "Q", que indica un rasgo cuantitativo, o
"B", que indica que se examinará un rasgo binario.

· 'Clinical_data_trait_name' es el nombre de un rasgo de datos clínicos definido por ser un
encabezado en el archivo --glm-Clinical-data-file.

· El 'variant / gene_name' puede ser el nombre de una o más columnas de la
--glm-Clinical-data-file, o el nombre de uno o más nombres de genes mutados del MAF,
separados por "|". Si esta columna se deja en blanco, o en su lugar contiene "NA", entonces cada
columna de la matriz de mutación variante (--use-maf-in-glm) o alternativamente la
--glm-Clinical-data-file se utiliza consecutivamente como columna variante en
analiza

· 'Covariables' son los nombres de una o más columnas del --glm-Clinical-Data-file,
separados por "+".

· 'Memo' es cualquier nota que se considere útil para el usuario. Se imprimirá en los datos de salida.
archivo de referencia.

El análisis GLM se puede realizar utilizando únicamente la entrada de datos en --glm-Clinical-data-file,
como se describió anteriormente, o alternativamente, los datos mutacionales del MAF pueden incluirse como
variantes en el análisis GLM, como también se describió anteriormente. Utilice la marca --use-maf-in-glm para
incluir la matriz de mutación derivada del maf como datos variantes.

Tenga en cuenta que todos los archivos de entrada para el análisis de correlación y GLM deben estar separados por tabulaciones.

ARGUMENTOS

--bam-lista
Proporcione un archivo que contenga los nombres de las muestras y las ubicaciones de BAM normales / tumorales para cada uno. Usar
el formato delimitado por tabulaciones [sample_name normal_bam tumor_bam] por línea. Esta herramienta solamente
necesita sample_name, por lo que todas las demás columnas se pueden omitir. El sample_name debe ser el
Igual que los nombres de las muestras de tumores utilizados en el archivo MAF (columna 16, con el encabezado
Tumor_Muestra_Código de barras).

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