Este es el comando getcds.pl que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
getcds.pl: extracción de CDS de varios formatos de anotación
SINOPSIS
getcds.pl [opciones] archivo de entrada [archivo de salida] [archivo de entrada [archivo de salida] ...]
OPCIONES
Las opciones incluyen:
redirect => Habilita una redirección en tiempo de ejecución. explicado a continuación.
force => permite escribir archivos .cds vacíos
Si [archivo de salida] no está especificado, se utiliza "[archivo de entrada] .cds".
Hay mucha magia oscura que se puede realizar con archivos .redirect. Se utilizan redirecciones
para modificar el comportamiento ordinario y se puede aplicar de forma global (un archivo .redirect en
el mismo directorio que [archivo de entrada]), y / o por entrada ([archivo de entrada] .redirect).
Los redireccionamientos se leen en ese orden, de modo que los efectos por entrada se apliquen en la parte superior del
efectos.
Si ha dejado el nombre de archivo como está de una descarga de Ensembl, la base de datos de Ensembl apropiada
la fuente se adivinará automáticamente.
Posibles redireccionamientos:
CDS: cambia el tipo de etiqueta que se busca cuando se ejecuta en archivos bioperl (el valor predeterminado es CDS)
desplazamiento: agregue algún valor a todas las coordenadas
+ bioperl: además de cualquier otro dato basado en redirecciones, también extrae anotaciones a través de bioperl
(el uso de un analizador directo deshabilita el analizador de bioperl de forma predeterminada)
ensembl_build - toma datos del ensembl (en el esquema especificado)
ucsc_build: toma datos de (en el esquema especificado)
murasaki_synth: sintetiza los datos de anotación para cada ancla a partir de una alineación (si es
un directorio, luego cada archivo de entrada (por ejemplo, input.lav) se verifica para un .anchors correspondiente
archivo (por ejemplo, input.anchors).
primario: qué tipo de etiquetas para crear a partir de datos recopilados de datos externos (por ejemplo:
ensembl, ucsc o murasaki). el valor predeterminado es el mismo que el redireccionamiento de cds.
cromosoma: fuerza un cromosoma específico en lugar de derivar del nombre de archivo
gtf: extrae la anotación de un archivo .gtf
Utilice getcds.pl en línea utilizando los servicios de onworks.net
