Este es el comando gmod_load_cvterms.plp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
load_cvterms.pl: compara qué términos son nuevos en el archivo en comparación con la base de datos y
los inserta
SINOPSIS
Uso: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] archivo
parámetros
-g Nombre de perfil de base de datos GMOD (puede proporcionar host, nombre de base de datos, contraseña, nombre de usuario y
controlador) Predeterminado: 'predeterminado'
-s nombre de la base de datos para vincular (debe estar en la tabla db, por ejemplo, GO)
-n nombre de vocabulario controlado (por ejemplo, 'proceso_biológico'). Opcional. Si no se da,
Se manejarán los términos de todos los espacios de nombres relacionados con el nombre de la base de datos.
-F Formato de archivo. Puede ser obo o go_flat y otros compatibles con Bio :: OntologyIO.
Predeterminado: obo
-u actualiza todos los términos. Sin -u, los términos de la base de datos no se actualizarán a
el contenido del archivo, en términos de definiciones, etc.
añadido.
-v salida detallada
-o archivo de salida para escribir errores y mensajes detallados (opcional)
-t modo de prueba. No realice ninguna operación de tienda en absoluto. (el modo de prueba no puede probar
insertar datos asociados para nuevos términos)
Las siguientes opciones son necesarias si no se utiliza el perfil GMOD
-H nombre de host para la base de datos [obligatorio si no se utiliza -p]
-D nombre de la base de datos [obligatorio si no se utiliza -p]
-p contraseña (si necesita proporcionar una contraseña para conectarse a su base de datos)
-r nombre de usuario (si necesita proporcionar un nombre de usuario para conectarse a su base de datos)
-d nombre del controlador (por ejemplo, 'Pg' para postgres). El nombre del controlador se puede proporcionar en gmod_config
El script analiza la ontología en el archivo y la ontología correspondiente en la base de datos,
si está presente. Compara qué términos son nuevos en el archivo en comparación con la base de datos y
los inserta y compara todas las relaciones que son nuevas y las inserta. Quita
las relaciones que no se especificaron en el archivo de la base de datos. Nunca quita
una entrada de término de la base de datos.
Este script funciona con el esquema Chado (ver gmod.org) y accede a las siguientes tablas:
db
ref.dbx
cv
cvtérmino
relación_cvterm
cvtermsinónimo
cvterm_dbxref
cvtermprop
Los términos que están en la base de datos pero no en el archivo se establecen en is_obsolete = 1. Todos
Los términos que están presentes en la base de datos se actualizan (si se usa la opción -u) para reflejar la
definiciones de términos que se encuentran en el archivo. Términos nuevos que están en el archivo pero no en el
la base de datos se almacenan. Los siguientes datos están asociados con cada inserción / actualización de términos:
Nombre del término
Definición de término
Relaciones con otros términos
Sinónimos
ID secundarios
Definición dbxrefs
Comentarios
Use gmod_load_cvterms.plp en línea usando los servicios de onworks.net
