Este es el comando gmx-analyse que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-analyse: analizar conjuntos de datos
SINOPSIS
gmx analizar [-f [<.xvg>]] [-C.A [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-distrito [<.xvg>]] [-AV [<.xvg>]] [-y es [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [-equipado [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-[ahora]
[-xvg ] [-[no hay tiempo] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[asentir] [-bw ] [-barra de error ]
[- [no] integrar] [-aver_start ] [- [no] xydy]
[- [no] regresión] [- [no] luzar] [-temperatura ]
[-fitstart ] [amigo ] [-filtrar ]
[-[ninguna energía] [- [no] subav] [- [no] oneacf] [-acflen ]
[- [no] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-comenzar ] [-ajuste final ]
DESCRIPCIÓN
GMX analizar lee un archivo ASCII y analiza conjuntos de datos. Una línea en el archivo de entrada puede
empezar con un tiempo (ver opción -hora) y cualquier número de y-pueden seguir valores. Varios conjuntos
también se pueden leer cuando están separados por & (opción -n); en este caso solo uno y-valor
se lee de cada línea. Se omiten todas las líneas que comienzan con # y @. Todos los análisis pueden
también se puede hacer para la derivada de un conjunto (opción -d).
Todas las opciones, excepto -AV y -poder, suponga que los puntos son equidistantes en el tiempo.
GMX analizar siempre muestra el promedio y la desviación estándar de cada conjunto, así como la
desviación relativa del tercer y cuarto acumulados de los de una distribución gaussiana
con la misma desviación estándar.
Opción -C.A produce la (s) función (es) de autocorrelación. Asegúrese de que el intervalo de tiempo
entre puntos de datos es mucho más corto que la escala de tiempo de la autocorrelación.
Opción -cc traza la semejanza del conjunto i con un coseno de i / 2 períodos. La formula es:
2 (integral de 0 a T de y (t) cos (i pi t) dt) ^ 2 / integral de 0 a T de y ^ 2 (t) dt
Esto es útil para los componentes principales obtenidos del análisis de covarianza, ya que el
Los componentes principales de la difusión aleatoria son cosenos puros.
Opción -msd produce los desplazamientos cuadrados medios.
Opción -distrito produce parcela (s) de distribución.
Opción -AV produce el promedio de los conjuntos. Se pueden agregar barras de error con la opción
-barra de error. Las barras de error pueden representar la desviación estándar, el error (asumiendo el
puntos son independientes) o el intervalo que contiene el 90% de los puntos, descartando el 5% de
los puntos en la parte superior e inferior.
Opción -y es produce estimaciones de error utilizando promedios de bloques. Un conjunto se divide en un número
de bloques y promedios se calculan para cada bloque. El error para el promedio total es
calculado a partir de la varianza entre los promedios de los m bloques B_i de la siguiente manera: error ^ 2 =
suma (B_i - ) ^ 2 / (m * (m-1)). Estos errores se grafican en función del tamaño del bloque.
También se traza una curva de promedio de bloques analíticos, asumiendo que la autocorrelación es una
suma de dos exponenciales. La curva analítica para el promedio de bloques es:
f (t) = sigma '' * `` sqrt (2 / T (alpha (tau_1 ((exp (-t / tau_1) - 1) tau_1 / t + 1)) +
(1-alfa) (tau_2 ((exp (-t / tau_2) - 1) tau_2 / t + 1)))),
donde T es el tiempo total. alpha, tau_1 y tau_2 se obtienen ajustando f ^ 2 (t) a
error ^ 2. Cuando el promedio de bloque real está muy cerca de la curva analítica, el error
es sigma '' * `` sqrt (2 / T (a tau_1 + (1-a) tau_2)). La derivación completa se da en B.
Hess, J. Chem. Phys. 116: 209-217, 2002.
Opción -bal encuentra y resta el componente "balístico" ultrarrápido de un enlace de hidrógeno
función de autocorrelación mediante el ajuste de una suma de exponenciales, como se describe en, por ejemplo, O.
Markovitch, J. Chem. Phys. 129: 084505, 2008. El término más rápido es el que tiene más
coeficiente negativo en el exponencial, o con -d, el que tiene más tiempo negativo
derivada en el tiempo 0. -nbalexp establece el número de exponenciales que deben ajustarse.
Opción -joya ajusta las constantes de velocidad bimolecular ka y kb (y opcionalmente kD) al hidrógeno
función de autocorrelación de enlace según el modelo de recombinación geminada reversible.
Se recomienda encarecidamente retirar primero el componente balístico. El modelo se presenta en O.
Markovitch, J. Chem. Phys. 129: 084505, 2008.
Opción -filtrar imprime la fluctuación de alta frecuencia RMS de cada conjunto y sobre todos los conjuntos
con respecto a un promedio filtrado. El filtro es proporcional a cos (pi t / len) donde t
va de -len / 2 a len / 2. len se suministra con la opción -filtrar. Este filtro reduce
oscilaciones con período len / 2 y len por un factor de 0.79 y 0.33 respectivamente.
Opción -g ajusta los datos a la función dada con la opción -fitfn.
Opción -poder ajusta los datos a bt ^ a, lo cual se logra ajustando a at + b en
escala logarítmica. Se ignoran todos los puntos después del primer cero o con un valor negativo.
Opción -luzar realiza un análisis cinético de Luzar & Chandler en la salida de GMX bono.
El archivo de entrada se puede tomar directamente de GMX bono -C.A, y luego el mismo resultado debería ser
producido.
Opción -fitfn realiza el ajuste de curvas a una serie de curvas diferentes que tienen sentido en
el contexto de la dinámica molecular, principalmente curvas exponenciales. Más información está en el
manual. Para comprobar el resultado del procedimiento de ajuste, la opción -equipado imprimirá ambos
los datos originales y la función ajustada a un nuevo archivo de datos. Los parámetros de ajuste son
almacenado como comentario en el archivo de salida.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xvg>] (gráfico.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Opciones para especificar archivos de salida:
-C.A [<.xvg>] (autocorr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-msd [<.xvg>] (msd.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-distrito [<.xvg>] (distr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-AV [<.xvg>] (promedio.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-y es [<.xvg>] (error.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-bal [<.xvg>] (ballisitc.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-equipado [<.xvg>] (equipado.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-g [<.log>] (fitlog.log) (Opcional)
Archivo de registro
Otras opciones
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-[no hay tiempo (si)
Espere un tiempo en la entrada
-b (-1)
Primera vez para leer del set
-e (-1)
Última vez para leer del conjunto
-n (1)
Lea este número de conjuntos separados por &
-[asentir (no)
Usa la derivada
-bw (0.1)
Binwidth para la distribución
-barra de error (Ninguno)
Barras de error para -AV: ninguno, stddev, error, 90
- [no] integrar (no)
Integre la (s) función (es) de datos numéricamente usando la regla del trapecio
-aver_start (0)
Comience a promediar la integral desde aquí
- [no] xydy (no)
Interprete el segundo conjunto de datos como un error en los valores de y para integrar
- [no] regresión (no)
Realice un análisis de regresión lineal sobre los datos. Si -xydy se establece un segundo conjunto
ser interpretado como la barra de error en el valor de Y. De lo contrario, si varios conjuntos de datos
están presentes se realizará una regresión multilineal dando como resultado la constante A que
minimizar chi ^ 2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N) ^ 2 donde ahora Y es el primero
conjunto de datos en el archivo de entrada y x_i los demás. Lea la información en el
opción -hora.
- [no] luzar (no)
Hacer un análisis de Luzar y Chandler sobre una función de correlación y relacionarlos según se produzca
by GMX bono. Cuando además el -xydy se le da la bandera a la segunda y cuarta columna
se interpretará como errores en c (t) yn (t).
-temperatura (298.15)
Temperatura para el análisis de la cinética de enlace de hidrógeno de Luzar (K)
-fitstart (1)
Tiempo (ps) a partir del cual comenzar a ajustar las funciones de correlación para obtener
las constantes de velocidad hacia adelante y hacia atrás para la rotura y formación de HB
amigo (60)
Tiempo (ps) donde dejar de ajustar las funciones de correlación para obtener la
constantes de velocidad hacia adelante y hacia atrás para la formación y rotura de HB. Solo con -joya
-filtrar (0)
Imprima la fluctuación de alta frecuencia después de filtrar con un filtro de coseno de este
de largo
-[ninguna energía (no)
Ajustar datos a: bt ^ a
- [no] subav (si)
Restar el promedio antes de autocorrelacionar
- [no] oneacf (no)
Calcule un ACF sobre todos los conjuntos
-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.
- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF
-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación
-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final
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