Este es el comando gmx-filter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-filter: trayectorias de filtro de frecuencia, útil para hacer películas fluidas
SINOPSIS
filtro gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc / .trr / ...>]] [-Oh [<.xtc / .trr / ...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ahora] [-nf ]
[-[No todo] [- [no] nojump] [-[no entra]
DESCRIPCIÓN
GMX filtrar realiza el filtrado de frecuencia en una trayectoria. La forma del filtro es cos (pi t / A)
+ 1 de -A a + A, donde A viene dado por la opción -nf veces el paso de tiempo en la entrada
trayectoria. Este filtro reduce las fluctuaciones con el período A en un 85%, con el período 2 * A en un 50%
y con período 3 * A en un 17% para el filtrado de paso bajo. Filtrado tanto de paso bajo como de paso alto
La trayectoria se puede escribir.
Opción -ol escribe una trayectoria filtrada de paso bajo. Se escribe un cuadro cada -nf Las opciones de entrada
marcos. Esta relación entre la longitud del filtro y el intervalo de salida asegura una buena supresión de
aliasing de movimiento de alta frecuencia, que es útil para hacer películas fluidas. También promedios
de las propiedades que son lineales en las coordenadas se conservan, ya que todos los fotogramas de entrada
se ponderan por igual en la salida. Cuando se necesiten todos los marcos, utilice el -todas .
Opción -Oh escribe una trayectoria filtrada de paso alto. Las coordenadas filtradas de paso alto son
agregado a las coordenadas del archivo de estructura. Cuando utilice un filtro de paso alto, utilice -encajar
o asegúrese de utilizar una trayectoria que se haya ajustado a las coordenadas de la estructura
archivo.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-ol [<.xtc / .trr / ...>] (paso bajo.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng
-Oh [<.xtc / .trr / ...>] (paso alto.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-nf (10)
Establece la longitud del filtro y el intervalo de salida para el filtrado de paso bajo.
-[No todo (no)
Escribe todos los fotogramas filtrados de paso bajo
- [no] nojump (si)
Elimina los saltos de átomos a lo largo de la caja.
-[no entra (no)
Ajustar todos los fotogramas a una estructura de referencia
Use gmx-filter en línea usando los servicios de onworks.net
