Este es el comando gmx-rmsf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-rmsf - Calcular fluctuaciones atómicas
SINOPSIS
gmx rmsf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-buey [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-sobredosis [<.xvg>]] [-jefe [<.xvg>]] [es [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [- [no] res]
[- [no] aniso] [-[no entra]
DESCRIPCIÓN
GMX rmsf calcula la fluctuación cuadrática media (RMSF, es decir, desviación estándar) de
posiciones atómicas en la trayectoria (suministrado con -f) después (opcionalmente) de ajustar a un
marco de referencia (suministrado con -s).
Con la opción -oq los valores de RMSF se convierten en valores de factor B, que se escriben en un
.pdb archivo con las coordenadas, del archivo de estructura, o de un .pdb archivar cuando -q is
especificado. Opción -buey escribe los factores B en un archivo con las coordenadas promedio.
Con la opcion -sobredosis la desviación cuadrática media de la raíz con respecto a la estructura de referencia
es calculado.
Con la opcion -aniso, GMX rmsf calculará los factores de temperatura anisotrópicos y luego
también generará coordenadas promedio y un .pdb archivo con registros ANISOU (correspondiente a
los -oq or -buey opción). Tenga en cuenta que los valores U dependen de la orientación, por lo que antes
comparación con los datos experimentales, debe verificar que se ajusta a los datos experimentales
coordenadas
Cuando un .pdb El archivo de entrada se pasa al programa y el -aniso bandera se establece una correlación
Se creará un gráfico de la Uij, si algún factor de temperatura anisotrópico está presente en el
.pdb archivo.
Con la opción es la matriz media de MSF (3x3) está diagonalizada. Esto muestra las direcciones
en el que los átomos fluctúan más y menos.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
Opciones para especificar archivos de salida:
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
-buey [<.pdb>] (xaver.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-sobredosis [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-jefe [<.xvg>] (correl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
es [<.log>] (rmsf.log) (Opcional)
Archivo de registro
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] res (no)
Calcular promedios para cada residuo
- [no] aniso (no)
Calcular factores de temperatura anisotrópicos
-[no entra (si)
Haga una superposición de mínimos cuadrados antes de calcular RMSF. Sin esto debes hacer
asegúrese de que la estructura de referencia y la trayectoria coincidan.
Use gmx-rmsf en línea usando los servicios de onworks.net
