gmx-trjconv: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-trjconv: convierte y manipula archivos de trayectoria

SINOPSIS

gmx trjconv[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-Fr [<.ndx>]] [-sub [<.ndx>]] [-soltar [<.xvg>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ] [-e ]
[tu ] [-[ahora] [-xvg ] [-saltar ]
[-dt ] [- [no] ronda] [-tugurio ] [-t0 ]
[-hora de caminar ] [-pbc ] [-tu ]
[- [no] centro] [-boxcentro ] [-caja ]
[-trans ] [-cambio ] [-encajar ]
[-ndec ] [-[novela] [- [no] fuerza] [-trunc ]
[Exec- ] [-división ] [- [no] sep]
[-cero ] [-cuadro ] [-caer sobre ]
[- [no] conect]

DESCRIPCIÓN

GMX trjconv puede convertir archivos de trayectoria de muchas formas:

· De un formato a otro

· Seleccionar un subconjunto de átomos

· Cambiar la representación de la periodicidad

· Mantener juntas las moléculas multiméricas

· Centro de átomos en la caja

· Ajustar los átomos a la estructura de referencia

· Reducir el número de fotogramas

· Cambiar las marcas de tiempo de los fotogramas (-t0 y -hora de caminar)

· Cortar la trayectoria en pequeñas subtrayectorias según información en un archivo índice.
Esto permite un análisis posterior de las subtrayectorias que podrían ser, por ejemplo, las
resultado de un análisis de conglomerados. Opción de uso -sub. Esto supone que las entradas en el
archivo de índice son números de fotograma y vuelca cada grupo en el archivo de índice en un archivo de índice separado
archivo de trayectoria.

· Seleccionar marcos dentro de un cierto rango de una cantidad dada en un .xvg archivo.

GMX trjcat es más adecuado para concatenar varios archivos de trayectoria.

Los siguientes formatos son compatibles para entrada y salida: .xtc, .trr, .gro, .g96 y .pdb.
Los formatos de archivo se detectan a partir de la extensión del archivo. La precisión de .xtc y .gro
la salida se toma del archivo de entrada para .xtc, .gro y .pdby del -ndec opción para
otros formatos de entrada. La precisión siempre se toma de -ndec, cuando se establece esta opción.
Todos los demás formatos tienen precisión fija. .trr la salida puede ser de precisión simple o doble,
dependiendo de la precisión del GMX trjconv binario. Tenga en cuenta que las velocidades son solo
apoyado en .trr, .gro y .g96 archivos.

Opción -sep se puede utilizar para escribir cada fotograma en un .gro, .g96 or .pdb expediente. Por
por defecto, todos los fotogramas se escriben en un archivo. .pdb archivos con todos los marcos concatenados pueden
ser visto con rasmol -nmrpdb.

Es posible seleccionar parte de su trayectoria y escribirla en un nuevo archivo de trayectoria.
para ahorrar espacio en disco, por ejemplo, para dejar fuera el agua de la trayectoria de una proteína
en agua. SIEMPRE ¡Grabe la trayectoria original en cinta! Recomendamos utilizar el portátil
.xtc formato para su análisis para ahorrar espacio en disco y tener archivos portátiles.

Hay dos opciones para ajustar la trayectoria a una referencia, ya sea para
análisis dinámico, etc. La primera opción es simplemente ajustada a una estructura de referencia
en el archivo de estructura. La segunda opción es un ajuste progresivo en el que el primer marco de tiempo
se ajusta a la estructura de referencia en el archivo de estructura para obtener y cada posterior
El marco de tiempo se ajusta a la estructura previamente montada. De esta manera una trayectoria continua
se genera, lo que podría no ser el caso cuando se utiliza el método de ajuste regular, por ejemplo, cuando
su proteína sufre grandes transiciones conformacionales.

Opción -pbc establece el tipo de tratamiento periódico de la condición de contorno:

· mol pone el centro de masa de las moléculas en el cuadro y requiere un archivo de entrada de ejecución para
ser suministrado con -s.

· res pone el centro de masa de residuos en la caja.

· átomo pone todos los átomos en la caja.

· sin saltos comprueba si los átomos saltan a través de la caja y luego los vuelve a colocar. Esto tiene el
efecto de que todas las moléculas permanecerán completas (siempre que estuvieran completas en el
conformación). Nota que esto asegura una trayectoria continua pero las moléculas pueden
difunde fuera de la caja. La configuración inicial para este procedimiento se toma de
el archivo de estructura, si se proporciona uno; de lo contrario, es el primer marco.

· grupo agrupa todos los átomos en el índice seleccionado de modo que todos estén más cerca
al centro de masa del clúster, que se actualiza iterativamente. Nota que este
solo dará resultados significativos si de hecho tiene un clúster. Afortunadamente eso puede ser
comprobado posteriormente utilizando un visor de trayectoria. Tenga en cuenta también que si sus moléculas son
roto esto tampoco funcionará.

La opción separada -clústercenter se puede utilizar para especificar un centro aproximado para
el racimo. Esto es útil, por ejemplo, si tiene dos vesículas grandes y desea
mantener sus posiciones relativas.

· todo solo completa las moléculas rotas.

Opción -tu establece la representación de la celda unitaria para las opciones mol, res y átomo of -pbc. Todos
tres opciones dan resultados diferentes para cajas triclínicas y resultados idénticos para
cajas rectangulares. rect es la forma ordinaria de ladrillo. tric es la celda unitaria triclínica.
compacto coloca todos los átomos a la distancia más cercana del centro de la caja. Esto puede ser
útil para visualizar, por ejemplo, octaedros truncados o dodecaedros rómbicos. El centro de
opciones tric y compacto is tric (ver más abajo), a menos que la opción -boxcentro está ajustado
de manera diferente.

Opción -centrar centra el sistema en la caja. El usuario puede seleccionar el grupo que se utiliza
para determinar el centro geométrico. Opción -boxcentro establece la ubicación del centro de
la caja de opciones -pbc y -centrar. Las opciones del centro son: tric: la mitad de la suma de
vectores de caja, rect: la mitad de la diagonal de la caja, cero: cero. Opción de uso -pbc mol en adición
a -centrar cuando desee todas las moléculas en la caja después del centrado.

Opción -caja establece el tamaño de la nueva caja. Esta opción solo funciona para dimensiones principales
y, por lo tanto, generalmente solo es útil para cajas rectangulares. Si desea modificar solo algunos
de las dimensiones, por ejemplo, al leer de una trayectoria, puede utilizar -1 para aquellos
dimensiones que deben permanecer iguales No siempre es posible utilizar combinaciones de
-pbc, -encajar, -tu y -centrar para hacer exactamente lo que quiere en una llamada a GMX trjconv.
Considere la posibilidad de utilizar varias llamadas y consulte el sitio web de GROMACS para obtener sugerencias.

Con cepas probióticas -dt, es posible reducir el número de fotogramas en la salida. Esta opción se basa
en la precisión de los tiempos en su trayectoria de entrada, por lo que si estos son inexactos utilice el
-hora de caminar opción para modificar la hora (esto se puede hacer simultáneamente). Para hacer suave
películas, el programa GMX filtrar puede reducir el número de fotogramas mientras se usa paso bajo
filtrado de frecuencia, esto reduce el alias de los movimientos de alta frecuencia.

Gracias a -trunc GMX trjconv puede truncar .trr en su lugar, es decir, sin copiar el archivo. Esta
es útil cuando una ejecución se ha bloqueado durante la E / S del disco (es decir, el disco lleno), o cuando dos contiguos
las trayectorias deben concatenarse sin tener marcos dobles.

Opción -tugurio se puede utilizar para extraer un marco en o cerca de un momento específico de su
trayectoria, pero solo funciona de forma fiable si el intervalo de tiempo entre fotogramas es uniforme.

Opción -soltar lee un .xvg Archivo con tiempos y valores. Cuando las opciones -cuadro y/o
-caer sobre están configurados, marcos con un valor por debajo y por encima del valor de las opciones respectivas
no se escribirá.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-Fr [<.ndx>] (marcos.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-sub [<.ndx>] (clúster.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-soltar [<.xvg>] (soltar.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Opciones para especificar archivos de salida:

-o [<.xtc / .trr / ...>] (trajout.xtc)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng

Otras opciones

-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria

tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-saltar (1)
Solo escribe cada nr-ésimo fotograma

-dt (0)
Solo escribir marco cuando t MOD dt = primera vez (ps)

- [no] ronda (no)
Redondear las medidas al picosegundo más cercano

-tugurio (-1)
Marco de volcado más cercano al tiempo especificado (ps)

-t0 (0)
Hora de inicio (ps) (predeterminado: no cambiar)

-hora de caminar (0)
Cambiar el intervalo de tiempo entre los fotogramas de entrada (ps)

-pbc (Ninguno)
Tratamiento PBC (consulte el texto de ayuda para obtener una descripción completa): none, mol, res, atom, nojump,
racimo, entero

-tu (recto)
Representación de celda unitaria: rect, tric, compact

- [no] centro (no)
Átomos centrales en caja

-boxcentro (tric)
Centro para -pbc y -center: tric, rect, zero

-caja (0 0 0)
Tamaño de la nueva caja cúbica (predeterminado: lectura de la entrada)

-trans (0 0 0)
Todas las coordenadas serán traducidas por trans. Esto se puede combinar ventajosamente
con -pbc mol -ur compact.

-cambio (0 0 0)
Todas las coordenadas serán cambiadas por framenr * shift

-encajar (Ninguno)
Ajustar la molécula a la estructura de referencia en el archivo de estructura: ninguna, rot + trans,
rotxy + transxy, traducción, transxy, progresivo

-ndec (3)
Precisión para la escritura de .xtc y .gro en número de lugares decimales

-[novela (si)
Leer y escribir velocidades si es posible

- [no] fuerza (no)
Leer y escribir fuerzas si es posible

-trunc (-1)
Truncar archivo de trayectoria de entrada después de este tiempo (ps)

Exec-
Ejecute el comando para cada cuadro de salida con el número de cuadro como argumento

-división (0)
Comience a escribir un nuevo archivo cuando t MOD split = primera vez (ps)

- [no] sep (no)
Escriba cada fotograma en un archivo .gro, .g96 o .pdb separado

-cero (0)
Si se establece la marca -sep, use estos muchos dígitos para los números de archivo y anteponga
ceros según sea necesario

-cuadro (0)
Elimina todos los fotogramas por debajo de este valor

-caer sobre (0)
Elimina todos los fotogramas por encima de este valor

- [no] conect (no)
Agregue registros de conexión al escribir .pdb archivos. Útil para la visualización de
moléculas no estándar, por ejemplo, de grano grueso

Use gmx-trjconv en línea usando los servicios de onworks.net