Este es el comando gmx-x2top que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-x2top: genera una topología primitiva a partir de coordenadas
SINOPSIS
gmx x2top [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[nov] [-nexcl ] [- [no] H14]
[- [no] alldih] [- [no] remdih] [- [no] pares] [-nombre ]
[- [no] pbc] [- [no] pdbq] [- [no] param] [- [no] ronda]
[-kb ] [-kt ] [-kp ]
DESCRIPCIÓN
GMX x2superior genera una topología primitiva a partir de un archivo de coordenadas. El programa asume todos
los hidrógenos están presentes al definir la hibridación a partir del nombre del átomo y el número de
cautiverio. El programa también puede hacer .rtp entrada, que luego puede agregar a la .rtp
base de datos.
Cuándo -param se establece, las distancias de equilibrio y los ángulos y las constantes de fuerza se imprimirán
en la topología para todas las interacciones. Las distancias y los ángulos de equilibrio se toman de
las coordenadas de entrada, la constante de fuerza se establecen con opciones de línea de comando. La fuerza
Los campos algo admitidos actualmente son:
G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (distribución oficial)
campo de fuerza de todos los átomos de oplsaa OPLS-AA / L (diedros de aminoácidos 2001)
Los archivos de datos correspondientes se pueden encontrar en el directorio de la biblioteca con el nombre
nombreátomo2tipo.n2t. Consulte el Capítulo 5 del manual para obtener más información sobre los formatos de archivo.
De forma predeterminada, la selección del campo de fuerza es interactiva, pero puede utilizar el -ff opción de
en su lugar, especifique uno de los nombres cortos anteriores en la línea de comando. En ese caso GMX x2superior
solo busca el archivo correspondiente.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp tpr
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.top>] (fuera de la cima) (Opcional)
Archivo de topología
-r [<.rtp>] (fuera.rtp) (Opcional)
Archivo de tipo de residuo utilizado por pdb2gmx
Otras opciones
-ff (oplsaa)
Campo de fuerza para su simulación. Escriba "seleccionar" para una selección interactiva.
-[nov (no)
Genere una salida detallada en el archivo superior.
-nexcl (3)
Numero de exclusiones
- [no] H14 (si)
Utilice las interacciones del tercer vecino para los átomos de hidrógeno
- [no] alldih (no)
Genera todos los diedros adecuados
- [no] remdih (no)
Quite los diedros en el mismo enlace que un impropio.
- [no] pares (si)
Interacciones de salida 1-4 (pares) en el archivo de topología
-nombre (ICE)
Nombre de tu molécula
- [no] pbc (si)
Utilice condiciones de contorno periódicas.
- [no] pdbq (no)
Utilice el factor B suministrado en un .pdb Presentar las cargas atómicas
- [no] param (si)
Imprimir parámetros en la salida
- [no] ronda (si)
Redondear los valores medidos
-kb (400000)
Constante de fuerza ligada (kJ / mol / nm ^ 2)
-kt (400)
Constante de fuerza angular (kJ / mol / rad ^ 2)
-kp (5)
Constante de fuerza de ángulo diedro (kJ / mol / rad ^ 2)
CONOCIDO CUESTIONES
· La selección del tipo de átomo es primitiva. Prácticamente no se utilizan conocimientos químicos
· Las condiciones de contorno periódicas arruinan la unión
· No se generan diedros impropios
· La tabla de traducción de átomos a tipos de átomos está incompleta (nombreátomo2tipo.n2t presentar en el
directorio de datos). Extiéndalo y envíe los resultados al equipo de GROMACS.
Use gmx-x2top en línea usando los servicios de onworks.net