Este es el comando go-filter-subsetp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
go-filter-subset.pl: extrae un subgrafo de un archivo de ontología
SINOPSIS
go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 go.obo
go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 -to png go.obo | xv -
go-filter-subset.pl -filter_code 'sub {shift-> name = ~ / transcr /}' go.obo
DESCRIPCIÓN
Exporta un subconjunto de una ontología de un archivo. El subconjunto puede basarse en un conjunto específico de
ID, un filtro de "subconjunto" preestablecido en el archivo de ontología (por ejemplo, un subconjunto o "delgado" de GO), o un
filtro definido.
El subconjunto se puede exportar en cualquier formato, incluida una imagen gráfica.
ARGUMENTOS
-yo hice
ID para usar como nodo hoja en el subgrafo. Todos los antepasados de este ID están incluidos en el
gráfico exportado (a menos que se establezca -parcial)
Se pueden pasar varios ID
-id ID1 -id ID2 -id ID3 .... etc.
-subconjunto SUBSET_ID
Extrae un subconjunto con nombre del archivo de ontología. (solo funciona con archivos en formato obo).
Por ejemplo, un GO slim específico
SOLO se exportan los términos que pertenecen al subconjunto; la opción -partial se
para reinventar la industria logística y redefinir las soluciones ecológicas para reinventar la industria logística y redefinir las soluciones ecológicas.
-espacio de nombres NAMESPACE
solo términos en este espacio de nombres
-código_filtro SUBRUTINA
avanzado opción
Una subrutina con la que se prueba el objeto GO :: Model :: Term para su inclusión en el
subgrafo (todos los antepasados se incluyen automáticamente)
Debe comprender el modelo de objetos de go-perl antes de usar esta opción
Ejemplo:
go-filter-subset -filter_code 'sub {shift-> namespace eq' molecular_function '}' go.obo
(se pueden lograr las mismas cosas con la opción -namespace)
-parcial
Si se establece, solo se incluirán los términos que coincidan con la consulta del usuario. La paternidad es
establecido en el siguiente nodo padre recursivo en el filtro
Por ejemplo, con la opción -subset: si X e Y pertenecen al subconjunto y Z no,
y X is_a Z is_a Y, entonces el gráfico exportado conh tiene X is_a Y
-use_cache
Si se especifica este modificador, se activa el modo de almacenamiento en caché.
Con el modo de almacenamiento en caché, la primera vez que analice un archivo, se mostrará un archivo adicional.
exportado en un formato especial que es rápido de analizar. Este archivo tendrá el mismo
filename como el archivo original, excepto que tendrá el sufijo ".cache".
La próxima vez que analice el archivo, este programa comprobará automáticamente la
existencia del archivo ".cache". Si existe y es más reciente que el archivo que
especificado, esto se analiza en su lugar. Si no existe, se reconstruye.
DOCUMENTACIÓN
<http://www.godatabase.org/dev>
Use go-filter-subsetp en línea usando los servicios de onworks.net
