Este es el comando gt-csa que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-csa: transforma las alineaciones empalmadas del archivo GFF3 en alineaciones empalmadas consensuadas.
SINOPSIS
gt CSA [opción ...] [GFF3_file]
DESCRIPCIÓN
-unión-longitud [propuesta de]
establecer la longitud de la unión para la agrupación de alineación empalmada (predeterminado: 300)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Ejemplo:
Supongamos que tenemos un archivo GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 que contiene el
siguiendo cuatro alineamientos empalmados superpuestos (representados como genes con exones como
niños):
## gff-versión 3
## secuencia-región seq 1
seq. gen 1. +. ID = gene209
seq. exón 1 90. +. Padre = gene1
seq. exón 110 190. +. Padre = gene1
seq. exón 201 209. +. Padre = gene1
###
seq. gen 1. +. ID = gene290
seq. exón 1 90. +. Padre = gene2
seq. exón 101 190. +. Padre = gene2
seq. exón 201 290. +. Padre = gene2
###
seq. gen 10. +. ID = gene290
seq. exón 10 90. +. Padre = gene3
seq. exón 110 190. +. Padre = gene3
seq. exón 201 290. +. Padre = gene3
###
seq. gen 181. +. ID = gene290
seq. exón 181 190. +. Padre = gene4
seq. exón 201 290. +. Padre = gene4
###
Para calcular las alineaciones empalmadas de consenso llamamos:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Que devuelve:
## gff-versión 3
## secuencia-región seq 1
seq gt csa gen 1. +. ID = gene290
seq gt csa mRNA 1. +. ID = ARNm290; Padre = gen1
seq gt csa exón 1 90. +. Padre = ARNm1
seq gt csa exón 110 190. +. Padre = ARNm1
seq gt csa exón 201 290. +. Padre = ARNm1
seq gt csa mRNA 1. +. ID = ARNm290; Padre = gen2
seq gt csa exón 1 90. +. Padre = ARNm2
seq gt csa exón 101 190. +. Padre = ARNm2
seq gt csa exón 201 290. +. Padre = ARNm2
###
Como se puede ver, se han combinado en una alineación empalmada por consenso (representada como
genes con ARNm cuando eran niños, que a su vez tienen exones cuando eran niños) con dos alternativas
formas de empalme. La primera y la tercera alineación empalmada se han combinado en la primera
forma de empalme alternativa (ARNm1) y la segunda y cuarta alineación empalmada en
la segunda forma de empalme alternativa (ARNm2).
Como se puede ver, el segundo exón de la primera forma de empalme alternativa es más corto que el
exón correspondiente de la segunda forma de empalme alternativa.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Utilice gt-csa en línea utilizando los servicios de onworks.net
