Este es el comando gt-hop que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-hop - Corrección de errores de homopolímeros basados en secuencias afines.
SINOPSIS
gt salto - -C -mapa -hebras [opciones ...]
DESCRIPCIÓN
-c [cadena]
secuencia cognada (codificada usando gt encseq encode)
-mapa [cadena]
mapeo de lecturas a la secuencia análoga debe estar en formato SAM / BAM, y ordenados por
coordinar (se puede preparar, por ejemplo, usando: samtools sort)
-sam [si | no]
El archivo de mapeo es SAM predeterminado: BAM
-agresivo [si | no]
corregir tanto como sea posible
-moderar [si | no]
mediar entre la sensibilidad y la precisión
-conservador [si | no]
corregir solo los errores más probables
-experto [si | no]
seleccionar manualmente los criterios de corrección
-hebras
archivo (s) de lectura sin corregir en formato FastQ; las lecturas corregidas se emiten en el
directorio de trabajo actual en archivos que se nombran como archivos de entrada, cada uno antepuesto
por un prefijo (ver opción -outprefix) -reads permite que uno imprima las lecturas en el mismo
orden como en la entrada y es obligatorio si el SAM contiene más de un primario
alineación para cada lectura (por ejemplo, salida de bwasw) ver también la opción -o como alternativa
-prefijo [cadena]
prefijo para nombres de archivo de salida (lecturas corregidas) cuando se especifica -reads, el prefijo es
antepuesto a cada nombre de archivo de entrada (predeterminado: hop_)
-o [cadena]
archivo de salida para lecturas corregidas (ver también -reads / -outprefix) si se usa -o, las lecturas son
salida en un solo archivo en el orden en que se encuentran en el archivo SAM (que normalmente
difieren del orden original) esto solo funcionará si las lecturas se alinearon con un
software que solo incluye 1 alineación para cada lectura (por ejemplo, bwa) (predeterminado: indefinido)
-hmin [propuesta de]
longitud mínima del homopolímero en secuencia afín (por defecto: 3)
-leer-hmin [propuesta de]
longitud mínima de homopolímero en lecturas (predeterminado: 2)
-qmáx [propuesta de]
calidad media máxima de homopolímero en una lectura (predeterminado: 120)
-altmax [propuesta de]
soporte máximo de homopol alternativo. largo; Por ejemplo, 0.8 significa: no corrija ninguna lectura si
homop. longitud en más del 80 %% de las lecturas tiene el mismo valor, diferente del
cognate si altmax se establece en 1.0, las lecturas siempre se corrigen (predeterminado: 0.800000)
-cogmin [propuesta de]
soporte mínimo de homopol de secuencia afín. largo; por ejemplo, 0.1 significa: no corrige ninguna
leer si cognado homop. la longitud no está presente en al menos el 10 %% de las lecturas si cogmin
está configurado en 0.0 las lecturas siempre se corrigen
-mapqmin [propuesta de]
calidad de mapeo mínima (predeterminado: 21)
-covmin [propuesta de]
cobertura mínima; por ejemplo, 5 significa: no corregir ninguna lectura si la cobertura (número de lecturas
mapeado sobre el homopolímero completo) es menor que 5 si covmin se establece en 1, las lecturas son siempre
corregido (predeterminado: 1)
-permitir-múltiples [si | no]
permitir múltiples correcciones en una lectura (predeterminado: no)
-clenmax [propuesta de]
longitud máxima de corrección predeterminada: ilimitada
-Ana [cadena]
anotación de secuencia análoga debe ser ordenada por coordenadas en la anotación análoga
secuencia (esto se puede hacer, por ejemplo, usando: gt gff3 -sort) si se usa -ann, correcciones
se limitará a los homopolímeros que comienzan o terminan dentro del tipo de característica indicado por
-ft formato de opción: ordenado GFF3 (predeterminado: indefinido)
-pie [cadena]
tipo de función a utilizar cuando se especifica la opción -ann (predeterminado: CDS)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda para opciones básicas y salir
-ayuda +
mostrar ayuda para todas las opciones y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Modo de corrección:
Una de las opciones -agresivo, -moderar, -conservador or -experto debe ser seleccionado.
El -agresivo, -moderar y -conservador Los modos son preajustes de los criterios por los que se
se decide si una discrepancia observada en la longitud del homopolímero entre la secuencia análoga y un
leído se corregirá o no. Se proporciona una descripción de los criterios individuales utilizando
de la forma más -ayuda +' opción. Los preajustes son equivalentes a los siguientes ajustes:
agresivo moderado conservador
-hmín 3 3 3
-leer-hmin 1 1 2
-altmáx 1.00 0.99 0.80
-refmin 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-covmín 1 1 1
-clenmax ilimitado ilimitado ilimitado
-permitir-múltiple sí sí no
El modo agresivo intenta maximizar la sensibilidad, el modo conservador para minimizar
los falsos positivos. Se puede lograr un conjunto de correcciones aún más conservador utilizando
de la forma más -Ana opción (ver -ayuda +).
El -experto el modo permite configurar manualmente cada parámetro; los valores predeterminados son los
lo mismo que en el -conservador modo.
(Por último, solo para fines de evaluación, el -estado-de-verdad se puede utilizar el modo: este modo
asume que el genoma secuenciado se ha especificado como secuencia análoga y genera una
lista ideal de correcciones.)
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores agt-users@genometools.org>.
Use gt-hop en línea usando los servicios de onworks.net