Este es el comando gt-speck que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-speck: verifica el cumplimiento de la definición de especificaciones en la entrada GFF3.
SINOPSIS
gt mota [opciones] [GFF3_file ...]
DESCRIPCIÓN
-archivospec [nombre de archivo]
archivo con definición de especificación (predeterminado: indefinido)
-de colores [si | no]
mostrar salida en color (predeterminado: sí)
-proporcionar índice [si | no]
proporcionar un índice de características en el espacio de nombres del archivo específico (requiere memoria O (n) para n entrada
características) (predeterminado: no)
-clasificar [si | no]
ordenar la entrada antes de verificar (requiere memoria O (n) para n funciones de entrada) (predeterminado: no)
-fallo [si | no]
detener el procesamiento e informar errores en tiempo de ejecución en lugar de registrarlos en los resultados
(predeterminado: no)
-producción [cadena]
formato de salida elija entre: json, texto, html, solo estadísticas (predeterminado: texto)
-comprobación de tipo [cadena]
utilice una ontología proporcionada en un archivo OBO para validar las relaciones entre padres e hijos. Si no
se proporciona el argumento, se utiliza el archivo sofa.obo del directorio gtdata / obo_files. Si
se proporciona un argumento, se utiliza como un nombre de archivo OBO. En el caso de que dicho archivo no
no existe .obo se agrega al argumento y carga el nombre de archivo resultante de la
Se intentó el directorio gtdata / obo_files. (predeterminado: entonces)
-archivo seq [nombre de archivo]
establecer el archivo de secuencia del cual tomar las secuencias (predeterminado: indefinido)
-encseq [nombre de archivo]
establezca el nombre de índice de la secuencia codificada del cual tomar las secuencias (predeterminado:
indefinido)
-archivos seq
establecer los archivos de secuencia de los que extraer las funciones utilizar -- para terminar la lista
de archivos de secuencia
-matchdesc [si | no]
busque las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para los ID de secuencia deseados (en
GFF3), informando la primera coincidencia (predeterminado: no)
-partidodescstart [si | no]
coincidir exactamente con las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para la secuencia deseada
ID (en GFF3) desde el principio hasta el primer espacio en blanco (predeterminado: no)
-usedesc [si | no]
use descripciones de secuencia para mapear los ID de secuencia (en GFF3) a la secuencia real
entradas. Si una descripción contiene un rango de secuencia (por ejemplo, III: 1000001..2000000), el
la primera parte se utiliza como ID de secuencia (III) y la primera posición del rango como compensación
(1000001) (predeterminado: no)
-mapeo de regiones [cadena]
establecer el archivo que contiene la región de secuencia para la asignación de archivo de secuencia (predeterminado: indefinido)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-speck en línea usando los servicios de onworks.net
