Este es el comando gustaf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
Gustaf - Gustaf - Buscador de alineación genérico mUlti-SpliT: herramienta para mapeo de lectura dividida
permitiendo múltiples divisiones.
SINOPSIS
gustaf [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
GUSTAF usa SeqAns STELLAR para encontrar divisiones como coincidencias locales en diferentes cadenas o
cromosomas. Se pueden especificar criterios y penalizaciones para encadenar estos partidos. Producción
El archivo contiene los puntos de interrupción a lo largo de la mejor cadena.
El archivo del genoma se utiliza como entrada de la base de datos y el archivo leído como entrada de la consulta.
Todas las opciones de STELLAR son compatibles. Consulte la documentación de STELLAR para conocer los parámetros de STELLAR
y opciones.
(c) 2011-2012 por Kathrin Trappe
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
Opciones de GUSTAF:
Opciones principales:
-tp, --transPen INT
Penalización por translocación intercromosómica Por defecto: 5.
-ip, --invPen INT
Penalización por inversión Predeterminado: 5.
-op., --pedidoPluma INT
Penalización por cambio de orden intracromosómico Predeterminado: 0.
-ambos, --superposición Umbral DOBLE
Superposición permitida entre coincidencias Predeterminado: 0.5.
-gth, --brechaUmbral INT
Longitud de espacio permitida entre partidos Predeterminado: 10.
-con, --initGapThresh INT
Longitud de espacio inicial o final permitida al comienzo y al final de la lectura Predeterminado: 15.
-S t, --apoyo INT
Número de lecturas complementarias Predeterminado: 2.
Opciones de entrada:
-m, --archivo de coincidencia ARCHIVO
Archivo de coincidencias (estelares) Los tipos de archivo válidos son: gff y GFF.
Opciones de salida:
-bpo, --punto de interrupción ARCHIVO
Nombre del archivo de salida del punto de interrupción. Los tipos de archivo válidos son: gff y txt. Defecto:
puntos de interrupción.gff.
-j, --nombre del trabajo STR
Nombre de trabajo / cola Predeterminado:.
-hacer, --puntos
Habilitar la salida de gráficos en formato de puntos
Opciones estelares:
Opciones principales:
-e, --épsilon NUM
Tasa de error máxima (máx. 0.25). En rango [0.0000001..0.25]. Predeterminado: 0.05.
-l, --longitud mínima NUM
Longitud mínima de partidos épsilon. En rango [0..inf]. Predeterminado: 100.
-f, --hacia adelante
Buscar solo en la cadena de avance de la base de datos.
-r, --contrarrestar
Buscar solo en el complemento inverso de la base de datos.
-a, --alfabeto STR
Tipo alfabético de secuencias de entrada (adn, rna, dna5, rna5, proteína, char). Uno de adn
adn5, rna, rna5, proteína y char.
-v, --verboso
Establecer el modo de verbosidad.
Opciones de filtrado:
-k, --kmer NUM
Longitud de los q-gramos (máximo 32). En rango [1..32].
-rp, --repetirPeríodo NUM
Periodo máximo de repeticiones de baja complejidad a filtrar. Predeterminado: 1.
-rl, --repetirLongitud NUM
Longitud mínima de repeticiones de baja complejidad para filtrar. Predeterminado: 1000.
-c, --abundanciaCorte NUM
Relación de corte de sobreabundancia de k-mer. En rango [0..1]. Predeterminado: 1.
Opciones de verificación:
-x, --xDrop NUM
X-drop máximo para la extensión. Predeterminado: 5.
-vs, --verificación STR
Estrategia de verificación: exacta o mejor Local o con bandas Global Una de las mejores, exacta, local,
y bandedGlobal. Predeterminado: exacto.
-dt, --disableThresh NUM
Número máximo de coincidencias verificadas antes de deshabilitar la verificación para una consulta
secuencia (infinito predeterminado). En rango [0..inf].
-n, --numCoincidencias NUM
Número máximo de coincidencias guardadas por consulta y base de datos. Si STELLAR encuentra más
partidos, solo se conservan los más largos. Predeterminado: 50.
-s, --ordenarUmbral NUM
Número de coincidencias que provocan la eliminación de duplicados. Elija un valor menor para
Ahorro de espacio. Predeterminado: 500.
VERSION
gustaf versión: 1.0 Última actualización julio de 2012
Use gustaf en línea usando los servicios de onworks.net
