Este es el comando hhalign que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hhalign: alinea una alineación de consulta / HMM con una alineación de plantilla / HMM
SINOPSIS
alinear -i pregunta [-t plantilla] [opciones]
DESCRIPCIÓN
HHalign versión 2.0.16 (enero de 2013) Alinear una alineación de consulta / HMM a una plantilla
alineación / HMM por alineación HMM-HMM Si solo se proporciona una alineación / HMM, se compara con
sí mismo y la mejor alineación fuera de la diagonal más todas las alineaciones adicionales que no se superponen
por encima del umbral de significación se muestran. Remmert M, Biegert A, Hauser A y Soding J.
HHblits: búsqueda de secuencias de proteínas iterativas ultrarrápidas mediante alineación HMM-HMM. Nat.
Métodos 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser
-i
alineación de la consulta de entrada (fasta / a2m / a3m) o archivo HMM (.hhm)
-t
alineación de la plantilla de entrada (fasta / a2m / a3m) o archivo HMM (.hhm)
Salida opciones:
-o
escribir la alineación de salida en el archivo
-de como
escribir alineaciones en FASTA, A2M (-oa2m) o A3M (-oa3m) formato
-Oa3m
escribir la alineación de la consulta en formato a3m en el archivo (predeterminado = ninguno)
-Aa3m
anexar alineación de consulta en formato a3m al archivo (predeterminado = ninguno)
-una pestaña
escribir la alineación como una tabla (con posteriores) en el archivo (predeterminado = ninguno)
-índice use la alineación dada para calcular la puntuación de Viterbi (predeterminado = ninguno)
-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado
-sec [1, inf [máx. número de secuencias de consulta / plantilla mostradas (def = 1)
-noconos
no muestra la secuencia de consenso en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-nopred
no muestra la estructura secundaria predicha en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-asiente
no muestra la estructura secundaria DSSP 2 en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-ssconf
mostrar confidencias para la estructura secundaria predicha en alineaciones
-aliw int
número de columnas por línea en la lista de alineación (def = 80)
-P
para autocomparación: valor p máximo de alineaciones (def = 0.001
-p
probabilidad mínima en lista de resumen y alineación (def = 0)
-E
valor E máximo en lista de resumen y alineación (def = 1E + 06)
-Z
número máximo de líneas en la lista de aciertos resumida (def = 100)
-z
número mínimo de líneas en la lista de resultados resumida (def = 1)
-B
número máximo de alineaciones en la lista de alineación (def = 100)
-b
número mínimo de alineaciones en la lista de alineación (def = 1)
-rango int
especificar el rango de alineación con el que escribir -Oa3m or -Aa3m opción (por defecto = 1)
Filtrar Las opciones de entrada alineación (opciones can be conjunto):
-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (%) (def = 90)
-diferencia [0, inf [filtra el conjunto de secuencias más diverso, manteniendo al menos este
muchas secuencias en cada bloque de> 50 columnas (def = 100)
-cov [0,100] cobertura mínima con consulta (%) (def = 0)
-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con consulta (%) (def = 0)
-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con consulta (def = -20.0)
Entrada alineación formato:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar; '-' = Eliminar; '.' =
espacios alineados con inserciones (pueden omitirse)
-M first
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes
-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia
HMM-HMM alineación opciones:
-globo/ -loc
modo de alineación global o local (def = local)
-alta
mostrar este número de alineaciones alternativas (def = 1)
-reordenar
realinear los hits mostrados con máx. algoritmo de precisión (MAC)
-norealizar
NO realinee los hits mostrados con el algoritmo MAC (def = realinear)
-macto [0,1 [
umbral de probabilidad posterior para la alineación MAC (def = 0.350) Un valor de umbral de
0.0 produce alineaciones globales.
-sto
utilizar el algoritmo de muestreo estocástico global para muestrear tantas alineaciones
-excluido excluir posiciones de consulta de la alineación, por ejemplo, '1-33,97-168'
-cambio [-1,1] compensación de puntuación (def = -0.030)
-corr [ 0,1 ]
peso del término para correlaciones de pares (def = 0.10)
-ssm 0-4 0: sin puntuación ss [predeterminado = 2]
1: puntuación ss después de la alineación 2: puntuación ss durante la alineación
-ssw [0,1] peso de la puntuación ss (def = 0.11)
-def leer las opciones predeterminadas de ./.hhdefaults o /.hhdefault.
Ejemplo: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png
Salida opciones:
-o
escribir la alineación de salida en el archivo
-de como
escribir alineaciones en FASTA, A2M (-oa2m) o A3M (-oa3m) formato
-Oa3m
escribir la alineación de la consulta en formato a3m en el archivo (predeterminado = ninguno)
-Aa3m
anexar alineación de consulta en formato a3m al archivo (predeterminado = ninguno)
-una pestaña
escribir la alineación como una tabla (con posteriores) en el archivo (predeterminado = ninguno)
-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado
-sec [1, inf [máx. número de secuencias de consulta / plantilla mostradas (def = 1)
-noconos
no muestra la secuencia de consenso en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-nopred
no muestra la estructura secundaria predicha en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-asiente
no muestra la estructura secundaria DSSP 2 en las alineaciones (predeterminado = mostrar)
-ssconf
mostrar confidencias para la estructura secundaria predicha en alineaciones
-aliw int
número de columnas por línea en la lista de alineación (def = 80)
-P
para autocomparación: valor p máximo de alineaciones (def = 0.001
-p
probabilidad mínima en lista de resumen y alineación (def = 0)
-E
valor E máximo en lista de resumen y alineación (def = 1E + 06)
-Z
número máximo de líneas en la lista de aciertos resumida (def = 100)
-z
número mínimo de líneas en la lista de resultados resumida (def = 1)
-B
número máximo de alineaciones en la lista de alineación (def = 100)
-b
número mínimo de alineaciones en la lista de alineación (def = 1)
-rango int
especificar el rango de alineación con el que escribir -Oa3m or -Aa3m opción (por defecto = 1)
-tc
escribir un archivo de biblioteca TCoffee para la comparación por pares
-tct [ 0,100 ]
min. probabilidad de pares de residuos para TCoffee (def = 5%)
De Seguros a filtrar Las opciones de entrada alineación (opciones can be conjunto):
-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (%) (def = 90)
-diferencia [0, inf [
filtrar el conjunto de secuencias más diverso, manteniendo al menos esta cantidad de secuencias en cada
bloque de> 50 columnas (def = 100)
-cov [0,100] cobertura mínima con consulta (%) (def = 0)
-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con consulta (%) (def = 0)
-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con consulta (def = -20.0)
Edificio HMM opciones:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar; '-' = Eliminar; '.' =
espacios alineados con inserciones (pueden omitirse)
-M first
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes
-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia
-etiquetas NO neutralice la secuencia de reconocimiento de His-, C-myc-, FLAG-tags y tripsina para
distribución de fondo
Pseudocuenta (ordenador personal) opciones:
-pcm Dependencia de la posición 0-2 del aditivo de pc 'tau' (modo pc, predeterminado = 2)
0: sin pseudo recuentos:
ta = 0
1: constante
ta = un
2: dependiente de la diversidad: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de
Secuencias efectivas en MSA local alrededor de la columna i) 3: pseudocuentas de diversidad constante
-pca [0,1] mezcla de pseudocontento general (def = 1.0)
-tarjeta de circuito impreso [1, inf [Valor umbral neff para -pcm 2 (def = 1.5)
-pcc [0,3] exponente de extinción c para -pcm 2 (def = 1.0)
-pre_pca [ 0,1 ]
Adición de pseudocontento PREFILTER (def = 0.8)
-pre_pcb [1, inf [PREFILTER umbral para Neff (def = 1.8)
Específico del contexto pseudo-recuentos:
-sin contexto
usar matriz de sustitución en lugar de pseudocontentos específicos del contexto
-contexto archivo de contexto para calcular pseudocontentos específicos del contexto
(predeterminado =. / data / context_data.lib)
-cslib
archivo de estado de columna para un filtrado previo rápido de la base de datos (predeterminado =. / data / cs219.lib)
Gap cost opciones:
-gapb [0, inf [
Adición de pseudocontento de transición (def = 1.00)
-brecha [0, inf [
Adición de pseudocontento de transición para espacio abierto (predeterminado = 0.15)
-mirar boquiabierto [ 0,1.5 ]
Adición de pseudocontento de transición para ampliar el espacio (def = 1.00)
-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de apertura de espacio para eliminaciones (def = 0.60)
-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización por apertura de espacio para inserciones (def = 0.60)
-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de extensión de brecha para eliminaciones (def = 0.60)
-gapi ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de extensión de espacio para inserciones (def = 0.60)
-egq [0, inf [penalización (bits) para los espacios finales alineados con los residuos de la consulta (def = 0.00)
-egt [0, inf [penalización (bits) para los espacios finales alineados con los residuos de la plantilla (def = 0.00)
Alineación opciones:
-globo/ -loc
modo de alineación global o local (def = global)
-Mac use la alineación de Máxima Precisión (MAC) en lugar de Viterbi
-macto [ 0,1 ]
umbral de problema posterior para la alineación MAC (def = 0.350)
-sto
utilizar el algoritmo de muestreo estocástico global para muestrear tantas alineaciones
-Carolina del Sur puntuación de aminoácidos (tja: plantilla HMM en la columna j) (def = 1)
0 = log2 Sum (tja * qia / pa) (pa: aa frecuencias de fondo)
1 = log2 Suma (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))
2 = log2 Sum (tja * qia / ta) (ta: av. Aa freqs in template)
3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: av. Aa freqs in query)
-corr [ 0,1 ]
peso del término para correlaciones de pares (def = 0.10)
-cambio [-uno]
compensación de puntuación (def = -0.030)
-r identificación repetida: múltiples aciertos no tratados como independientes
-ssm 0-2 0: sin puntuación ss [predeterminado = 2]
1: puntuación ss después de la alineación 2: puntuación ss durante la alineación
-ssw [0,1] peso de la puntuación ss en comparación con la puntuación de la columna (def = 0.11)
-ssa [0,1] matriz de confusión ss = (1-ssa) * I + ssa * matriz-confusión-psipred [def = 1.00)
-calma 0 - 3
calibración de puntuación empírica de 0: consulta 1: plantilla 2: ambos (def = desactivado)
Las opciones predeterminadas se pueden especificar en './.hhdefaults' o '~ / .hhdefaults'
Utilice hhalign en línea utilizando los servicios de onworks.net
