Este es el comando hmm2calibrate que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmm2calibrate - calibrar las estadísticas de búsqueda de HMM
SINOPSIS
hmm2calibrar [opciones] archivo hmm
DESCRIPCIÓN
hmm2calibrar lee un archivo HMM de archivo hmm, puntúa un gran número de aleatorios sintetizados
secuencias con él, ajusta una distribución de valor extremo (EVD) al histograma de esos
anota y vuelve a guardar archivo hmm ahora incluyendo los parámetros EVD.
hmm2calibrar puede tardar varios minutos (o más) en ejecutarse. Mientras está funcionando,
archivo temporal llamado hmmfile.xxx se genera en su directorio de trabajo. Si abortas
hmm2calibrar prematuramente (ctrl-C, por ejemplo), su original archivo hmm estará intacto,
y deberías eliminar el hmmfile.xxx archivo temporal.
OPCIONES
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
EXPERTO OPCIONES
--UPC
Establece el número máximo de CPU en las que se ejecutará el programa. El valor predeterminado es usar
todas las CPU de la máquina. Anula la variable de entorno HMMER_NCPU. Solamente
afecta a las versiones con subprocesos de HMMER (el valor predeterminado en la mayoría de los sistemas).
--reparado
Fije la longitud de las secuencias aleatorias a , donde es un positivo (y
de tamaño razonable) entero. En cambio, el valor predeterminado es generar secuencias con un
variedad de diferentes longitudes, controladas por una distribución gaussiana (normal).
--archivohist
Guarde un histograma de las puntuaciones y la curva teórica ajustada en el archivo .
--significar
Establezca la longitud media de las secuencias sintéticas en , donde es un real positivo
número. El valor predeterminado es 350.
--numero
Establezca el número de secuencias sintéticas en , donde es un número entero positivo. Si
is less than del 1000, de la forma más cómodo a de la forma más EVD pueden fallar. Mayor número de
proporcionará parámetros EVD mejor determinados. El valor predeterminado es 5000; fue empíricamente
elegido como una compensación entre precisión y tiempo de cálculo.
--pvm Ejecutar en una máquina virtual paralela (PVM). El PVM ya debe estar ejecutándose. los
programa de cliente hmm2calibrar-pvm debe instalarse en todos los nodos PVM. Opcional
El soporte de PVM debe haberse compilado en HMMER.
--Dakota del Sur
Establezca la desviación estándar de la distribución de longitud de la secuencia sintética en ,
donde es un número real positivo. El valor predeterminado es 350. Tenga en cuenta que el gaussiano es
truncada a la izquierda para que ninguna secuencia tenga longitudes <= 0.
--semilla
Establezca la semilla aleatoria en , donde es un número entero positivo. El valor predeterminado es usar
hora() para generar una semilla diferente para cada ejecución, lo que significa que dos
carreras de hmm2calibrar en el mismo HMM dará resultados ligeramente diferentes. usted
puede utilizar esta opción para generar resultados reproducibles para diferentes hmm2calibrar
se ejecuta en el mismo HMM.
Utilice hmm2calibrate en línea utilizando los servicios de onworks.net
