Este es el comando hmmfetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmmfetch - recuperar perfil HMM (s) de un archivo
SINOPSIS
hmm buscar [opciones]
(recupera HMM nombrado )
hmm buscar -f [opciones]
(recupera todos los HMM enumerados en )
hmm buscar --índice [opciones]
(índices para buscar)
DESCRIPCIÓN
Recupera rápidamente uno o más HMM de perfil de un (una gran base de datos de Pfam, para
ejemplo).
Para máxima velocidad, el debe indexarse primero, usando hmm buscar --índice.
index es un archivo binario llamado .ssi. Sin embargo, esto es opcional y la recuperación
aún funcionan a partir de archivos no indexados, aunque mucho más lentamente.
El modo predeterminado es recuperar un solo perfil por nombre o accesión, llamado .
Por ejemplo:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmbuscar Pfam-A.hmm PF00045
Con la -f opción, una que contiene una lista de una o más claves se lee en su lugar.
El primer campo delimitado por espacios en blanco en cada línea sin comentarios que no esté en blanco del
se usa como y se ignora cualquier dato restante en la línea. Esto permite una variedad
de archivos de datos delimitados por espacios en blanco que se utilizarán como s.
Cuando usas -f y , Si archivo hmm ha sido indexado, las claves se recuperan en el
orden en que ocurren en el archivo de clave, pero si archivo hmm no está indexado, las claves se recuperan en el
orden en que ocurren en el archivo hmm. Este es un efecto secundario de una implementación que permite
varias claves para ser recuperadas incluso si el es una corriente que no se puede rebobinar, como un
tubo de entrada estándar.
En uso normal (sin --índice or -f opciones), puede ser '-' (guión), que significa
leyendo la entrada de stdin en lugar de un archivo. Con el --índice opción, no puede
ser '-'; no tiene sentido indexar un flujo de entrada estándar. Con el -f opción,
ya sea or (pero no ambos) puede ser '-'. A menudo es particularmente útil
leer desde la entrada estándar, porque esto permite usar un comando arbitrario
invocaciones de línea para crear una lista de nombres o accesiones de HMM, luego tráelos todos a un nuevo
archivo, solo con un comando.
De forma predeterminada, los HMM obtenidos se imprimen en la salida estándar en formato HMMER3.
OPCIONES
-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.
-f El segundo argumento de la línea de comandos es un en lugar de un solo .
primer campo en cada línea del se utiliza como recuperación (un nombre de HMM
o adhesión). Las líneas en blanco y las líneas de comentarios (que comienzan con un carácter #) son
ignorado
-o Salida de HMM (s) a archivo en lugar de la salida estándar.
-O Salida HMM (s) a archivos individuales nombrados en lugar de salida estándar. Con
los -f opción, esto puede resultar en la creación de muchos archivos.
--índice
En lugar de recuperar uno o más perfiles de , indexar el for
futuras recuperaciones. Esto crea una .ssi archivo de índice binario.
Utilice hmmfetch en línea utilizando los servicios de onworks.net
