Este es el comando jaspscane que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
jaspscan: escanea secuencias de ADN en busca de factores de transcripción
SINOPSIS
jaspeado -secuencia Seqall -menú lista -matrices cadena -umbral flotar [-excluir cadena]
[-ambos booleano] -archivo de salida (reporte)
jaspeado -ayuda
DESCRIPCIÓN
jaspeado es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Transcription".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia Seqall
-menú lista
Valor predeterminado: C
-matrices cadena
El nombre 'todos' se lee en todos los archivos de matriz del conjunto de matrices JASPAR seleccionado. Usted puede
especificar matrices individuales dando sus nombres con comas entre ellos, como:
'ma0001.1, ma0015 *'. El caso de los nombres no es importante. Puede especificar un archivo de
nombres de matriz para leer dando el nombre del archivo que contiene los nombres de la matriz con un
El carácter '@' delante de él, por ejemplo, '@ matrix.list'. Líneas y líneas en blanco
comenzando con un carácter hash o '!' se ignoran y todas las demás líneas se concatenan
junto con un carácter de coma ',' y luego se trata como la lista de enzimas para buscar
por. Un ejemplo de un archivo de nombres de matrices es:! mis matrices ma0001.1, ma0002.1! otro
matrices ma0010.1 ma0032 * ma0053.1 Valor predeterminado: todos
Requerido .
-umbral flotar
Si la puntuación de la matriz es mayor o igual a este porcentaje, se producirá un acierto.
reportado Valor predeterminado: 80.0
Adicionales .
-excluir cadena
Los nombres de las matrices que se excluirán de la lista de 'matrices'. Las matrices se especifican
de la misma forma que para la lista de selección.
-ambos booleano
Si se establece, se buscan los hilos directo y inverso Valor predeterminado: N
Salida .
-archivo de salida (reporte)
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