Este es el comando lutefisk que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
lutefisk - software para la interpretación de novo de espectros de péptidos CID
SINOPSIS
lutefisk [-q] [-m] [-d] [-p] [-r] [-s] [-v] [-h] [-o]
DESCRIPCIÓN
lutefisk es un software para la interpretación de novo de espectros CID de péptidos. Se necesita
datos CID de péptidos y algunos archivos de datos auxiliares (cuya ubicación se especifica en el
línea de comandos) y genera un archivo de resultados que contiene todas las secuencias hipotéticamente
coincidir con los datos del CID.
Cuando invocas lutefisk con el -h opción, el programa enumera en la línea de comando todos los
opciones que están disponibles.
OPCIONES
-h Imprime una lista de opciones
-q Ejecutar en modo silencioso
-m Masa de iones precursores
-d Nombre de ruta al archivo de detalles
-p Nombre de ruta al archivo params
-r Nombre de ruta al archivo de residuos
-s Nombre de ruta al archivo con secuencias de base de datos para puntuar
-v Ejecutar en modo detallado
-o Archivo de salida
Archivo de datos CID
PROGRAMA DATOS
Los datos necesarios para ejecutar el programa se encuentran en / usr / share / lutefisk.
EJEMPLO DATOS
Los datos de ejemplo se encuentran en / usr / share / doc / lutefisk / examples.
BIBLIOGRÁFICO Referencias A BE CITADO
RS Johnson y JA Taylor (2002) "Búsqueda de bases de datos de secuencias a través de péptidos de novo
secuenciación por espectrometría de masas en tándem ", Mol. Biotechnology Vol. 22, No. 3. (noviembre
2002), págs.301-315.
JA Taylor y RS Johnson (2000) "Implementación y usos de sistemas automatizados de novo
secuenciación de péptidos mediante espectrometría de masas en tándem ". Anal. Chem. 73: 2594-2604.
RS Johnson y JA Taylor (2000) "Búsqueda de bases de datos de secuencias a través de péptidos de novo
secuenciación por espectrometría de masas en tándem "," Análisis de proteínas y péptidos: avances en la
Uso de espectrometría de masas ", 146: 41-61 (serie Methods in Molecular Biology, Humana Press).
JA Taylor y RS Johnson (1997) "Búsquedas en bases de datos de secuencias a través de péptidos de novo
secuenciación por espectrometría de masas en tándem ". Rapid Comm. Mass Spec. 11: 1067-1075.
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