macs2_bdgbroadcall - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

macs2_bdgbroadcall - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP

DESCRIPCIÓN

uso: macs2 bdgbroadcall [-h] -i ARCHIVO [-c PICO DE CORTE] [-C ENLACE DE CORTE]

[-l MINLEN] [-g LVL1MAXGAP] [-G LVL2MAXGAP]
[--outdir OUTDIR] (-o ACEITE | --o-prefijo OPREFIJO)

opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir

-i ARCHIVO, --archivo ARCHIVO
Puntuación MACS en bedGraph. REQUERIDO

-c PICO DE CORTE, --pico de corte PICO DE CORTE
Corte para picos según el método que utilizó para la pista de partitura. Si el archivo
contiene puntuaciones de qvalue de MACS2, la puntuación 2 significa qvalue 0.01. PREDETERMINADO: 2

-C ENLACE DE CORTE, - enlace de corte ENLACE DE CORTE
Límite para vincular regiones / regiones de baja abundancia según el método que utilizó
para la pista de puntuación. Si el archivo contiene puntuaciones qvalue de MACS2, la puntuación 1 significa
qvalue 0.1, y la puntuación 0.3 significa qvalue 0.5. PREDETERMINADO: 1

-l MINLÉN, --longitud mínima MINLÉN
longitud mínima del pico, mejor establecerlo como valor d. PREDETERMINADO: 200

-g LVL1MAXGAP, --lvl1-max-brecha LVL1MAXGAP
espacio máximo entre picos significativos, mejor establecerlo como tamaño de etiqueta. PREDETERMINADO: 30

-G LVL2MAXGAP, --lvl2-max-brecha LVL2MAXGAP
enlace máximo entre picos significativos, mejor establecerlo como 4 veces el valor d.
PREDETERMINADO: 800

--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual

-o ACEITE, --archivo ACEITE
Nombre del archivo de salida. Mutuamente excluyente con --o-prefijo.

--o-prefijo PREFIJO OP
Prefijo del archivo de salida. Mutuamente excluyente con -o/ - ofile.

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