Este es el comando macs2_pileup que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2_pileup - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 pileup [-h] -i ARCHIVO [ARCHIVO...] -o ARCHIVO DE SALIDA [--outdir OUTDIR]
[-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}]
[-B] [--extsize EXTSIZE] [--verbose VERBOSE]
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-i ARCHIVO [ARCHIVO...], --archivo ARCHIVO [ARCHIVO...]
Archivo de alineación ChIP-seq. Si se dan varios archivos como '-t AB C', entonces
todos deben leerse y combinarse. Tenga en cuenta que se supone que los datos de pares no funcionan con esto
mando. REQUERIDO.
-o ARCHIVO DE SALIDA, --archivo ARCHIVO DE SALIDA
Nombre del archivo bedGraph de salida. Si no se especifica, escribirá en la salida estándar.
NECESARIO.
--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual
-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}, --formato
{AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}
Formato de archivo de etiqueta, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". La opción AUTO predeterminada permitirá que 'macs2 pileup' decida
qué formato tiene el archivo. Compruebe la definición en el archivo README si elige
ELAND / ELANDMULTI / ELANDEXPORT / SAM / BAM / BOWTIE. PREDETERMINADO: "AUTO"
-B, --ambas direcciones
De forma predeterminada, cualquier lectura se extenderá hacia la dirección descendente por extensión
Talla. Así que es [0, tamaño-1] (sistema de índice basado en 1) para lectura de hebra positiva y
[-size + 1,0] para lectura de cadena negativa donde la posición 0 es 5 'final de la lectura alineada.
El comportamiento predeterminado puede simular la forma MACS2 de acumular lecturas de muestra de ChIP donde
el tamaño de extensión se establece como tamaño de fragmento / d. Si esta opción está activada, alineada
las lecturas se extenderán tanto en sentido ascendente como descendente por extensión
Talla. Significa [-size, size] donde 0 es el extremo 5 'de una lectura alineada. Puede
simular parcialmente la forma MACS2 de acumular lecturas de control. Sin embargo, sesgo local MACS2
se calcula maximizando el pileup esperado sobre un tamaño de fragmento de ChIP / d
estimado a partir de 10 kb, 1 kb, dy antecedentes del genoma completo. PREDETERMINADO: Falso
--tamañoext TAMAÑO EXTERNO
El tamaño de la extensión en bps. Cada alineación leída se convertirá en un EXTSIZE de fragmento,
luego se amontonarán. Ver descripción para -B para más detalles. Es el doble del "tamaño de turno"
en el antiguo idioma MACSv1. PREDETERMINADO: 200
--verboso VERBOSO
Establezca un nivel detallado. 0: solo muestra un mensaje crítico, 1: muestra una advertencia adicional
mensaje, 2: muestra la información del proceso, 3: muestra los mensajes de depuración. Si tu quieres saber
donde están las lecturas duplicadas, use 3. PREDETERMINADO: 2
Utilice macs2_pileup en línea utilizando los servicios de onworks.net
