Este es el comando matchere que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
matcher - Alineación local de Waterman-Eggert de dos secuencias
SINOPSIS
matcher -una secuencia secuencia -bsecuencia secuencia [-archivo de datos matriz] [-alternativas entero]
[-brecha entero] [-gape extender entero] -archivo de salida alinear
matcher -ayuda
DESCRIPCIÓN
matcher es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Alineación: Local".
OPCIONES
Entrada .
-una secuencia secuencia
-bsecuencia secuencia
-archivo de datos matriz
Este es el archivo de matriz de puntuación que se utiliza al comparar secuencias. Por defecto es el
archivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) o el archivo 'EDNAFULL' (para secuencias nucleicas). Estas
Los archivos se encuentran en el directorio "datos" de la instalación de EMBOSS.
Adicionales .
-alternativas entero
Esto establece el número de salidas de coincidencias alternativas. Por defecto solo el más alto
Se muestra la alineación de puntuación. Un valor de 2 le da otras alineaciones razonables. En
algunos casos, por ejemplo, proteínas multidominio de cDNA y comparaciones de DNA genómico,
puede haber otras alineaciones interesantes y significativas. Valor predeterminado: 1
-brecha entero
La penalización por hueco es la puntuación que se quita cuando se crea un hueco. El mejor valor depende
en la elección de la matriz de comparación. El valor predeterminado de 14 asume que está utilizando el
Matriz EBLOSUM62 para secuencias de proteínas, o un valor de 16 y la matriz EDNAFULL para
secuencias de nucleótidos. Valor predeterminado: @ ($ (acdprotein)? 14: 16)
-gape extender entero
La penalización por longitud de espacio, o extensión de espacio, se agrega a la penalización de espacio estándar para
cada base o residuo en el hueco. Así es como se penalizan las brechas de tiempo. Por lo general, lo harás
espere unos pocos huecos largos en lugar de muchos huecos cortos, por lo que la penalización por extensión del hueco
debe ser menor que la penalización por hueco. Una excepción es cuando una o ambas secuencias son
lecturas individuales con posibles errores de secuenciación, en cuyo caso esperaría muchas
huecos de base única. Puede obtener este resultado estableciendo la penalización por espacio en cero (o muy
bajo) y el uso de la penalización de extensión del espacio para controlar la puntuación del espacio. Valor por defecto:
@ ($ (acdprotein)? 4: 4)
Salida .
-archivo de salida alinear
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