Este es el comando mfa2xmfa que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
addUnalignedIntervals - parte del paquete mauveAligner
alineaciónProyector - parte del paquete mauveAligner
backbone_global_to_local - parte del paquete mauveAligner
bbAnalyze - parte del paquete mauveAligner
createBackboneMFA - parte del paquete mauveAligner
getAlignmentWindows - parte del paquete mauveAligner
getOrthologList: parte del paquete mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte del paquete mauveAligner
mauveToXMFA - parte del paquete mauveAligner
mfa2xmfa - parte del paquete mauveAligner
projectAndStrip - parte del paquete mauveAligner
randomGeneSample - parte del paquete mauveAligner
scoreAlignment - parte del paquete mauveAligner
stripGapColumns - parte del paquete mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte del paquete mauveAligner
toGrimmFormat - parte del paquete mauveAligner
toMultiFastA - parte del paquete mauveAligner
toRawSequence - parte del paquete mauveAligner
uniqueMerCount: parte del paquete mauveAligner
uniquifyTrees - parte del paquete mauveAligner
xmfa2maf - parte del paquete mauveAligner
DESCRIPCIÓN
Estas herramientas pertenecen al paquete mauveAligner. No están documentados explícitamente, pero
están imprimiendo una línea de sinopsis que se repite aquí.
agregar intervalos no alineados intervalo archivo> <salida intervalo archivo>
Proyector de alineación xmfa> <salida xmfa> <mfa ss entrada> <mfa ss salida> <lista of
secuencias a incluir, comenzando at 0>
backbone_global_to_local <xmfa archivo> <columna vertebral archivo> <salida archivo>
bbAnalizar <xmfa archivo> <guía árbol> <columna vertebral posseq archivo> <columna vertebral columna archivo> <anotado
ss índice> <salida archivo>
El índice de secuencia anotado comienza en 0.
crearBackboneMFA intervalo archivo> <salida MFA nombre>
obtenerAlineaciónWindows <XMFA alineación> <ventana longitud> <ventana Turno cantidad> <base salida
nombre de archivo>
obtener lista de ortólogos obtener lista de ortólogos xmfa> <columna vertebral ss archivo> <referencia genoma> <CDS
ortólogo nombre de archivo> <CDS alineación bases nombre>
hacerBadgerMatrix hacerBadgerMatrix xmfa> <salida tejón archivo> <LCB coordinar archivo>
malvaToXMFA malvaToXMFA <malva Alineación entrada> <XMFA salida>
mfa2xmfa <MFA alineación entrada> <XMFA alineación salida> [No alineado RápidoA producción]
proyectoYStrip xmfa> <salida xmfa> ...
Los identificadores de secuencia numérica comienzan en 0.
aleatorioGeneSample xmfa> <columna vertebral ss archivo> <muestra genoma> <número of genes>
<salida bases nombre> [aleatorio semilla]
puntuaciónAlineación <correcto alineación> <calculado alineación> [evolucionado secuencia expediente] [Slagan]
TirarGapColumnas XMFA> <salida XMFA>
tiraSubconjuntoLCBs xmfa> bbcols> <salida xmfa> [minutos LCB Talla] [minutos genomas]
[al azar submuestra a X kb]
aGrimmFormat <malva Alineación> <genoma 1 chr longitudes> ... N chr longitudes>
aMultiFastA intervalo archivo> <salida bases nombre>
aRawSequence secuencia> <salida archivo>
UniqueMerCount <Ordenado mar Lista>
unificarárboles <nexo Las opciones de entrada archivo> <nexo salida archivo>
Todos los árboles del archivo de entrada deben tener el mismo número de taxones y el mismo taxón
etiquetas
xmfa2maf <xmfa entrada> <maf salida>
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