mia-3ddistance-stats - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mia-3ddistance-stats: evalúa las estadísticas de distancia para dos imágenes etiquetadas.

SINOPSIS

estadísticas-de-distancia-mia-3d -i -r -o [opciones]

DESCRIPCIÓN

estadísticas-de-distancia-mia-3d Este programa se utiliza para evaluar la distancia entre igualmente
áreas etiquetadas en dos imágenes. El archivo de salida es un archivo csv que contiene las distancias para
cada coordenada etiquetada en la imagen de prueba en la siguiente forma:

etiqueta, n-muestras, distancia, distancia, ...

Un programa R simple para obtener algunas estadísticas por etiqueta a partir de estos datos se vería así

args <- commandArgs (VERDADERO)
datos <- read.csv (args [1], header = FALSE)
para (i en 1: dim (datos) [1]) {
línea <- datos [i,]
etiqueta <- como.integer (línea [1])
rango_fin <- 2 + as.numeric (línea [2])
s <- as.numeric (línea [3: end_range])
resultado <- sprintf ("% d% 8.4f% 8.4f% 8.4f% 8.4f0
etiqueta, media (s), sqrt (var (s)), mediana (s), max (s))
gato (resultado)
}

OPCIONES

Archivo-IO
-i --in-labels = (entrada, requerida); io
imagen de etiqueta de entrada Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-r --ref-labels = (entrada, requerida); io
imagen de etiqueta de referencia Para los tipos de archivo admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-l --label-map = (entrada); cuerda
mapeo opcional de números de etiqueta

-o --out-file = (salida, obligatorio); cuerda
nombre del archivo de salida para escribir las distancias. El archivo de salida es un archivo csv,
que contiene las distancias enumeradas para cada etiqueta.

Ayuda & Info
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

Tratamiento de agua
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

COMPLEMENTOS: 3dimage / io

analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

ingenioso E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
bit

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
bit

EJEMPLO

Evaluar las distancias para cada etiqueta disponible en image.v a las etiquetas correspondientes en
la imagen reference.v y almacena el resultado en una lista de valores separados por coma, es decir
distancias.csv.

mia-3ddistance-stats -i imagen.v -r referencia.v -o distancias.csv

AUTOR (es)

Gert Wollny

DERECHOS DE AUTOR

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con ABSOLUTAMENTE NINGUNA GARANTÍA y puede redistribuirlo bajo los términos de GNU
LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

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