Este es el comando mustang que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mustang: un algoritmo de alineación estructural múltiple
SINOPSIS
mustango [opciones] archivos...
DESCRIPCIÓN
Esta página de manual documenta brevemente la mustango mando.
Mustango es un programa que implementa un algoritmo para la alineación estructural de múltiples
estructuras proteicas. Dado un conjunto de archivos PDB, el programa utiliza la información espacial en
los átomos de Calpha del conjunto para producir una secuencia de alineación. Basado en un progresivo
Heurística por pares, el algoritmo procede a continuación a través de una serie de pasadas de refinamiento.
Mustango informa la alineación de secuencia múltiple y la superposición correspondiente de
.
Para mantener la línea de comando corta, el usuario puede escribir la ruta y los nombres de los archivos en un
(descripción) y proporcione el archivo de descripción en la línea de comando usando la '-f'
opción. Por ejemplo, vea el archivo utilizado para probar la instalación:
'/ usr / share / doc / mustang / examples / test_zf-CCHH'.
RUTA debe tener un prefijo '>'. Cuando el programa analiza este archivo, busca la línea
comenzando con el símbolo '>' (los espacios en blanco se ignoran antes y después del símbolo). El camino
que contienen los archivos PDB de las estructuras a alinear. Ver por ejemplo:
/ usr / share / doc / mustang / examples / test_zf-CCHH '.
Los NOMBRES DE ARCHIVO deben tener un prefijo '+' (los espacios en blanco se ignoran antes y después de este símbolo).
Si se especifica PATH, solo se deben proporcionar los nombres de archivo después del símbolo '+'.
Sin embargo, si NO se proporciona la línea PATH, entonces las rutas absolutas / relativas de la estructura
Se deben proporcionar archivos.
El formato del archivo de descripción se describe más adelante en -f Opción CmdLine).
OPCIONES
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
-p
Ruta al directorio que contiene las estructuras (PDB) que se van a alinear.
-i ...
Estructuras de entrada a alinear. Nota: si -p La opción se usa en la línea de comando,
proporcione solo los nombres de archivo de las estructuras; si no da el absoluto / relativo
ruta de cada una de las estructuras de entrada.
-f <descripción archivo>
Esta opción se utiliza para EVITAR entrar en la ruta (-p) y nombre de archivo (-i) detalles en
la línea de comando. En cambio, para mantener la línea de comando corta, el usuario puede ingresar el
los detalles de la ruta y el nombre del archivo en un archivo de "descripción" y proporcionarlo en el comando
línea. El formato del "archivo de descripción" se analiza con más detalle en el
Sección 'DESCRIPCIÓN' arriba. Nota: las opciones { -p , -i} y {-f} son mutuamente
exclusiva.
-o <salida identificador>
Un identificador común para varias salidas del programa. Extensiones apropiadas
(p.ej .html, .pdb, .msf) se agregarán a esto
identificador dependiendo de las opciones que el usuario especifique en la línea de comando.
Identificador de salida PREDETERMINADO: 'resultados'
-F
Formato de salida de alineación. Las opciones para son: 'html', 'fasta', ´pir´,
'msf'. Formato PREDETERMINADO: 'html'
-D [CA-CA diámetro]
Producir un archivo HTML donde los residuos se reportan en minúsculas con gris
fondo cuando el diámetro CA-CA alineado (superpuesto) de residuos en una columna de
la alineación es> el umbral de diámetro CA-CA.
-s [ / ]
Genere un archivo PDB que contenga una superposición óptima de todas las estructuras basadas en
la alineación. PREDETERMINADO: 'ENCENDIDO'.
-r [ / ]
Imprima en una tabla rmsd de archivo de superposición múltiple junto con la matriz de rotación y
vector de traducción correspondiente a cada estructura de entrada. PREDETERMINADO: 'APAGADO'.
--ayuda muestra un mensaje de ayuda y sale.
--versión
información de la versión de salida y salidas.
AUTORES
Mustango fue escrito por AS Konagurthu, usando el algoritmo de AS Konagurthu et col.
(ver REFERENCIA)
HOMBRE PÁGINA
Esta página de manual fue creada originalmente por Morten Kjeldgaard ([email protected]) utilizando el
información de Mustang - opción de ayuda.
REFERENCIA
AS Konagurthu, J. Whisstock, PJ Stuckey y AM Lesk, MUSTANG: A multiple
algoritmo de alineación estructural, Proteínas 64(3) 559 - 574 (2006).
INSECTO INFORME
arun AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au
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