Este es el comando NEXUSnormalizer que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
NEXUSnormalizer: reescribe el archivo NEXUS a la salida estándar con sangría consistente y
sintaxis
DESCRIPCIÓN
NEXUSnormalizer toma lecturas de un archivo y reescribe el archivo a la salida estándar con coherencia
sangría y sintaxis.
El sistema most común personal is simplemente:
NEXUSnormalizador
OPCIONES
-h en la línea de comando muestra este mensaje de ayuda
-q suprimir los mensajes de estado de NCL mientras se leen archivos
-llee un archivo y trata cada línea del archivo como una ruta al archivo NEXUS
-a salida AltNexus (sin tabla de traducción en árboles)
-x NO valide las etiquetas internas en árboles como etiquetas de taxones
-X NO trate los números en los árboles como números de taxón, trátelos como arbitrarios
etiquetas (no debe usarse con archivos NEXUS).
-scontrola el nivel de rigurosidad de NEXUS.
el nivel predeterminado es equivalente a -s2 invocando el programa con -s3 o una superior
number convertirá algunas advertencias en errores fatales. Corriendo con -s1 causará
el analizador para aceptar construcciones peligrosas y ejecutar con -s0 hará que el
analizador haga todo lo posible para terminar de analizar el archivo (advertencia sobre muy grave
errores).
Tenga en cuenta que cuando -s0 se utiliza el nivel de rigor y el analizador no termina,
a menudo será el resultado de un error anterior al error que se informa en el
Ultimo mensaje.
-iespecifica la longitud de las páginas intercaladas para crear
-fespecifica el formato de archivo de entrada esperado:
-fnexo
NEXUS (este también es el predeterminado)
-faafasta
Datos de aminoácidos en fasta
-fdnafasta
Datos de ADN en fasta
-frnafasta
Datos de ARN en fasta
La lista completa de nombres de formato que pueden seguir el -f bandera es:
nexo
adnafasta
aafasta
rnafasta
adnaphylip
rnaphylip
aaphylip
labios discretos
dnaphylip intercalado
rnaphylipintercalado
aaphylipintercalado
discreto phylipinterleaved
dnarelaxedphilip
rnarelajadophylip
aarelaxedphilip
labios de labios discretos
adn relajado phylipinterleaved
rnarelajadophylipinterleaved
aarrelaxedphilipinterleaved
discreto relajado phylipinterleaved
ADN
maaln
aaln
árbol filipino
relajado
siguiente
adnafín
aafin
rafin
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